پرداختن به ابعاد مختلف روش شناسی تفسیر برای دست یابی به روشی صحیح، لازم و ضروری است و همان گونه که به دست آوردن مفاد صحیح آیات در سعادت انسان نقش دارد، آگاهی از روش صحیح فهم و تفسیر قرآن نیز جایگاه وی‍ژه ای دارد. برای رسیدن به روش صحیح در تفسیر قرآن رعایت کردن قواعد تفسیری ضروری است. بر اساس روش های مختلفی که مفسران در تفسیر آیات برگزیده اند میان کلمات آنان در بیان مفاهیم آیات قرآن اختلاف وجود دارد و برخی در این عرصه دچار خطا و اشتباه شده اند. برای مصون ماندن از خطا و اشتباه بر مفسر لازم است که از قواعد تفسیر آگاهی یابد تا شیوه او بی مبنا نباشد و هم اینکه در موارد اختلاف، انتخاب او بر اساس ملاک و معیار باشد که در صورت رعایت آن قواعد، خطاهای تفسیری او کاهش می یابد و به مراد واقعی خداوند نزدیک تر می شود. به همین منظور این پژوهش به روش تجزیه و تحلیل به نقد روش تفسیری کشف الاسرار و عده الابرار در نوبت های سه گانه می پردازد تا بر اساس معیارهای روش شناسانه و قواعد آن، این تفسیر را مورد بررسی و ارزیابی قرار دهد و به برخی ویژگیهای خاص مفسر در بیان مباحث تفسیری اشاره کند و در پایان به میزان تعهد مولف به روش خود دست یابد. تفسیر کشف الاسرار در زمانی به نگارش درآمد که گرایش مردم به تفاسیر واعظانه بیشتر شد. از این رو میبدی تفسیر مختصر خواجه عبدالله انصاری را انتخاب کرده است و به شرح و تفصیل آن می پردازد. میبدی در نوشتن این تفسیر به ترجمه ها، تفاسیر و تأویلات گذشتگان مراجعه کرده است. در ترجمه آیات به ترجمه طبری نظر داشته و همانند طبری ترجمه ای تحت اللفظی از آیات ارائه می دهد هرچند بین دو ترجمه تفاوتهایی نیز وجود دارد. میبدی برای این که بهتر بتواند از عهده ترجمه، تفسیر و تأویل آیات بیرون آید، کتابش را در سه نوبت تنظیم کرده است. نوبت اول را به ترجمه، نوبت دوم را به تفسیر و نوبت سوم را به تأویل آیات اختصاص داده است. ترجمه تحت اللفظی روشی است که میبدی در نوبت اول تفسیر به کار برده است، اما در برخی موارد از این روش عدول کرده و ترجمه ای تفسیری و در برخی موارد ترجمه ای تأویلی از آیات ارائه کرده است و گاهی از ترجمه برخی کلمات غفلت نموده است . روش های قرآن به قرآن، روش روایی، ادبی و روش اجتهادی روشی است که مفسر در نوبت دوم این تفسیر به کار برده است. گرایش کلامی، فقهی و عرفانی از گرایش های مفسر بود که در این تفسیر مورد بررسی قرار گرفت. در این تفسیر قواعد تفسیری را که یک مفسر باید رعایت کند، میبدی غالباً رعایت نموده است، وی تلاش داشته تا با در نظر گرفتن قرائت های مختلف به تفسیر ایات بپردازد، همچنین میبدی به معنای کلمات در زمان نزول توجه دارد و به همین دلیل از روایات وسخنان اصحاب و اشعار شاعران استفاده می کند. در بیان نکات نحوی، صرفی، بلاغی نهایت تلاش را دارد و در هر آیه ای که نکته ای وجود داشته باشد آن را بیان می کند. وی در بیان مفهوم آیات به قراین متصل همچون سیاق و سبب نزول و به قراین منفصل یعنی به آیات و روایات توجه دارد و در تفسیر از آنها استفاده می کند هر چند در برخی موارد از روایات ضعیف نیز استفاده کرده است. همچنین وی به دلالتهای مختلف در آیات نظیر دلالت اقتضاء، ایما و اشاره همچنین به دلالتهای التزامی، تضمنی و مطابقی آیات توجه دارد و آنها را در تفسیر آیات به کار می برد . تأویل آیات به دو روش رمزی و مجازی روشی است که وی در نوبت سوم به کار برده و تا پایان به این روش پایبند بوده است.