در این پژوهش به منظور تعیین تنوع ژنتیکی، تعداد 14 رقم کلزا با مبدأ جغرافیایی متفاوت از دو طریق، مولکولی و مورفولوژیکی مورد ارزیابی قرار گرفتند. مطالعات مورفولوژیکی در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار در مزرعه تحقیقاتی مجتمع آموزش عالی گنبد در سال 8-1387 انجام شد. در طول فصل زراعی از صفات مهمی نظیر روز تا شروع گلدهی، طول دوره گلدهی، تعداد شاخه های فرعی، تعداد خورجین در بوته، تعداد دانه در خورجین، طول خورجین، ارتفاع بوته، وزن هزار دانه، عملکرد بیولوژیکی، عملکرد دانه و روغن، درصد اسید اروسیکروغن و گلوکوزینالات کنجاله یادداشت برداری شد. بررسی های مولکولی این تحقیق در آزمایشگاه مرکزی دانشکده علوم کشاورزی رشت و آزمایشگاه ژنتیک مولکولی و بیوتکنولوزی دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی گنبد انجام شد. بدین منظور پس از استخراج dna از برگ های جوان،کلیه ژنوتیپ ها بوسیله واکنش pcr و نشانگر rapd مورد ارزیابی قرار گرقتند. تجزیه خوشه ای نتایج هر دو روش ، 14 رقم مورد بررسی را در پنج گروه مجزا دسته بندی نمود. ولیکن نتایج این دسته بندی ها مطابقت زیادی با یکدیگر نداشتند.گروهبندی براساس مولفه های اصلی شناسایی شده به روش تجزیه به مولفه های اصلی نتایج قبلی را تأیید نمود.