در بررسی مناسبات ایران با اتحادیه اروپا در دوران ریاست جمهوری خاتمی و احمدی نژاد در چارچوب نظریه سازه انگاری این فرضیه به آزمون گذاشته شده است که روابط طرفین در دوران خاتمی با توجه به گفتمان اصلاحات، گسترش یافت اما در دوره احمدی نژاد با تغییر مفاهیم و گفتمان جدید روابط طرفین دچار کاهش گردید. خاتمی در سیاست خارجی خود خط مشی تنش زدایی و اعتماد سازی با کشور های جهان از جمله اتحادیه اروپا را مد نظر قرار داد. وی همچنین گفتگوی تمدن ها را مطرح کرد. اتخاذ این سیاست با استقبال کشورهای اروپایی مواجه گردید. ملاقات سران کشورهای اروپایی از ایران و بالعکس، بازگشت سفرای کشورهای اروپایی به ایران و بالعکس، تبدیل گفتگوهای انتقادی به سازنده و فراگیر و مذاکرات "موافقتنامه تجارت و همکاری" میان طرفین نمایانگر این مسئله است. روابط ایران و اروپا در دوره خاتمی از سال 1382 و با مطرح شدن مسئله هسته ای تحت تأثیر این موضوع قرار گرفت و دچار نوسان گردید. خاتمی تلاش کرد با سیاست تنش زدایی و دیپلماسی تعاملی نظر آژانس هسته ای و کشورهای اروپایی مذاکره کننده با ایران را جلب و اعتماد سازی نماید اما طرف مقابل به منظور اعتماد سازی کامل خواستار تعلیق دائمی غنی سازی در ایران شد. ایران نیز اعلام کرد فعالیت های غنی سازی اورانیم در یو سی اف اصفهان را از اول اوت 2005 آغاز می نماید. احمدی نژاد نیز بر سیاست خارجی"منطقه محور" تاکید داشت. دولت نهم قائل به محدود شدن روابط خارجی با چند کشور قدرتمند نبود، به همین خاطر اقدام به گسترش تعامل با کشورهایی همچون روسیه و چین کرد. سیاست خارجی ایران در دوره احمدی نژاد تهاجمی، و از موضع پرسشگری بود، اتخاذ این سیاست برای اتحادیه اروپا رضایت بخش نبود. دیپلماسی تهاجمی به خصوص در موضوع هسته ای باعث شد روابط ایران و اروپا کاملاً کمرنگ شود. اتحادیه اروپا وقتی متوجه شد به صورت مسالمت آمیز نمی تواند ایران را از حقوق هسته ای خود محروم نماید سعی کرد با نزدیکی سیاستهای خود به آمریکا و ارجاع پرونده ایران به شورای امنیت و تصویب قطعنامه، ایران را تحت فشار قرار دهد. به این ترتیب طبیعی است که وقتی ایران و اتحادیه اروپا در موضوع هسته ای به نتیجه ای نرسیده اند اصلاً فرصتی برای برگزاری مذاکرات در راستای ادامه گفتگوهای فراگیر و سازنده و همچنین مذاکرات مربوط به موافقتنامه تجارت و همکاری ایران و اتحادیه اروپا باقی نمی ماند و این مذاکرات نیز متوقف می شود. با روی کار آمدن محمود احمدی نژاد و در پیش گرفتن سیاست های اصول گرایانه و به خصوص دیپلماسی تقابلی در موضوع هسته ای روز به روز روابط ایران و اروپا کمرنگ تر گردید.