به منظور بررسی موقعیت تاکسونومیکی سه گروه از جدایه های این گونه که عامل بیماری لکه برگی خاکشیر تلخ، نوار قرمز نیشکر و لکه زاویه ای ختمی خواب آلود هستند، 96 جدایه باکتری بدست آمده از گیاهان آلوده با 30 جدایه از چهار میزبان مختلف و 17 جدایه مرجع مقایسه گردید. در این مطالعه، بررسی پلی فازی با استفاده از مجموعه ای از روش های مرفولوژیکی، فیزیولوژیکی، بیوشیمیایی، بررسی نقوش پروتئین های سلولی، تعیین مقدماتی دامنه میزبانی، تهیه و مقایسه پروفیل اسیدهای چرب سلولی، ردیابی تولید زهرابه های نیمه اختصاصی، انگشت نگاری dnaی ژنومی، همسانه سازی و تعیین توالی بخشی از اپران ریبوزومی، مقایسه توالی چند ژنی و بررسی میزان همولوژی dna، انجام شد. براساس یافته های این تحقیق، جدایه های عامل بیماری لکه برگی خاکشیر تلخ به عنوان یک پاتووار جدید و متعلق به گونه ژنومی سه معرفی گردید. همچنین باکتری های جداسازی شده از نیشکر و ختمی خواب آلود از نظر فنوتیپی بسیار شبیه به پاتووار p. s. pv. syringae بوده اما از نظر ژنتیکی و میزان قرابت فیلوژنتیکی شباهتی به گروه های قبلی نشان ندادند. همچنین بر مبنی ویژگی های متفاوت ژنوتیپی و بخصوص تفاوت در دامنه میزبانی می توان جدایه های بیماری زا در نیشکر و ختمی خواب آلود را به عنوان پاتووار جدید نامگذاری نمود، گرچه به نظر می رسد این باکتری ها به گونه های جدید و توصیف نشده ای متعلق هستند. نتایج بررسی های مختلف نشان داد که مقایسه چند ژنی برای درک موقعیت تاکسونومیکی جدایه های مذکور کارآمد ترین روش بود، اما اطلاعات آن به تنهایی در تفکیک پاتووارهای منتسب به p. s. pv. syringae، کافی نیست. به نظر می رسد تا تکمیل اطلاعات مربوط به مقایسه چند ژنی، به منظور درک روابط تاکسونومیکی این گروه، بررسی میزان همولوژی dna ضروری است.

. به منظور شناسایی گونه های آسپرژیلوس در غوره، میوه رسیده و کشمش، نمونه برداری در تابستان 90 ازمناطق مختلف استان آذربایجان شرقی انجام شد. در مجموع 142 نمونه جمع آوری گردید. جداسازی قارچ با روش کاغذصافی استریل خشک در دسیکاتور مرطوب به روش تک کنیدیوفور انجام شد. در این مرحله 142 جدایه، خالص سازی و نگه داری شد، که براساس بررسی های مورفولوژیکی اولیه تعداد 80 جدایه به منظور شناسایی نهایی انتخاب شد و 60 جدایه به منظور شناسایی مولکولی انتخاب گردید. شناسایی مولکولی گونه ها با تعیین توالی بخشی از ژن کالمودولین با استفاده از آغازگرهای cmd5 و cmd6 استفاده شد. توالی های مرجع با استفاده از برنامه blast و براساس توالی های معتبر موجود در gene bank، توالی های مرجع معتبر براساس بالاترین میزان شباهت انتخاب شد. شجره های فیلوژنتیکی براساس روش neibghbor-joining با استفاده از نرم افزار mega4 براساس آزمون اعتبارسنجی با 1000 تکرار انجام گردید. در این پژوهش شش گونه براساس شجره فیلوژنتیکی شناسایی شد. این گونه ها عبارت اند از: aspergillus acidus،a. awamori، a. niger، a. tubingensis از بخش nigri، a. flavus از بخش flavi و a. ochraceus. از بخش circumdati. به منظور بررسی امکان شناسایی مورفولوژیکی، خصوصیات میکروسکوپی و ماکروسکوپی در محیط های کشت mea ،cy20s ،cz و cya در دماهای 25 و 37 درجه سلسیوس و به صورت سه نقطه ای بعد از هفت روز بررسی شد. در میان جدایه های بررسی شده گونه a. tubingensis بیشترین فراوانی را داشت. با توجه به امکانات و روش های رایج موجود و افزایش روزافزون گونه های جنس آسپرژیلوس، امکان شناسایی و تمایز دقیق تمامی گونه های بخش های nigri، circumdati و flavi با روش های مورفولوژیکی بسیار مشکل است اما در مورد بخش هایی مانند aspergillus تشخیص گونه ها توسط افراد مجرب و امکانات مناسب امکان پذیر است.

بیماری لکه نواری جو که توسط(xtt) xanthomonas translucens pv. translucens ایجاد می شود، یکی از مهمترین بیماری های بذرزاد و مخرب در تولید جو در سراسر دنیا، از جمله بخش هایی از استان کرمان است. تحقیق حاضر به منظور تعیین فعالیت بازدارندگی باکتری های اپی فیت جدا شده از برگ های جو در برابر باکتری xtt انجام شد. فعالیت بازدارندگی 192 باکتری اپی فیت در شرایط آزمایشگاهی به روش عصاره کشت در برابر باکتری xtt مورد بررسی قرار گرفت سویه های زانتوموناس و هر یک جدایه های اپی فیت در محیط کشت مایع کشت داده شدند. پس از 48 ساعت، سوسپانسیون باکتری زانتوموناس بصورت یکنواخت روی محیط کشت ngy پخش گردید. پس از خشک شدن سطح محیط کشت یک دیسک کاغذ صافی استریل در سطح آگار مرکز پتری قرار داده شد. سپس صاف شده کشت باکتری اپی فیت روی دیسک کاغذ صافی قرار داده شد. پتری ها برای مدت 5 روز در دمای 25 درجه سانتی گراد نگهداری شدند. قطر ناحیه بازدارنده ایجاد شده در اطراف هر دیسک اندازه گیری شد. در تمامی آزمایش ها محیط کشت ngy مایه زنی نشده به عنوان شاهد استفاده شد. ده جدایه بیشترین بازدارندگی را در برابر xtt نشان دادند. بر اساس روش های بیوشیمیایی مرسوم و داده های تعیین توالی بخشی از ناحیه 16s rdna استرین های a4, b6, c8, d7, e2, f11, j7 و g4 به عنوان pseudomonas flourescens و استرین b11 به عنوانpseudomonas putida تشخیص داده شد.

بیماری شانکر باکتریایی مرکبات یکی از مهمترین بیماریهایی است که سبب خسارت فراوان به کیفیت و کمیت تولید این محصول می گردد. این بیماری در استان های جنوبی ایران و به خصوص در سال هایی که بارندگی زیادی وجود دارد به شدت گسترش می یابد.شناسایی دقیق عامل (عوامل) بیماری و تنوع آن ها در نواحی مختلف کشت مرکبات و تشخیص موثر، سریع و مطمئن عامل بیماری با نگرش به وضعیت تاکسونومیکی اخیر آن ضروری به نظر می رسد. بدین منظور در چندین نوبت اقدام به نمونه برداری از برخی باغ های آلوده در استان های کرمان، هرمزگان، فارس، سیستان و بلوچستان و ایلام گردید. به منظور بررسی موقعیت دقیق عوامل شانکر باکتریایی مرکبات، برخی آزمون های معمول فنوتیپی و بیوشیمیایی، بیماری زایی، مقایسه الگوی اثرانگشتیdna ژنومی به روش rep-pcr، تعیین توالی ناحیه 16srdna و سه ژن نیمه حفاظت شده ی gyrb، atpd ، dnak در نمایندگان جدایه های به دست آمده از استان های مختلف کشور انجام شد. نتایج کلی نشان داد که جدایه های xanthomonas citri subsp. citri به دست آمده از ایران تنوع قابل ملاحظه ای نداشته و متعلق به گروه شانکر آسیایی (تیپ a) می باشند. در بررسی الگوی اثر انگشتی ژنوم، نشانگر eric-pcr توانایی بهتری در نمایش تنوع میان جدایه های عامل شانکر در ایران دارد. با توجه به نتایج آزمون بیماری زایی، الگوی اثرانگشتیrep-pcr و نتایجبررسی توالی بخشی ازژن atpd می توان جدایه های ایران را جزو ایزوله های غیرتیپیک آسیایی (a*) طبقه بندی نمود.در ردیابی جدایه‎ها با چهار جفت آغازگر اختصاصی نتایج نشان داد کهبرخی از آغازگرهای اختصاصی xcc قطعه موردنظر را در باکتری های غیرهدف نیز تکثیر کرده و اختصاصیت لازم را برای ردیابی عوامل شانکر ندارند. در بررسی های بیماری زایی، گروهی از جدایه ها که تعلقی به باکتری xcc نداشتند، توان ایجاد علائم شبه شانکر روی گریپ فروت و لیمومکزیکی داشتند. شناسایی این گروه از جدایه ها پس از چندین نوبت تکرار آزمون بیماری زایی نشان داد که باکتری pantoeaagglomerans به عنوان همراه بیماری شانکر مرکبات در ایران وجود دارد. این نخستین گزارش از همراهی باکتری مذکور با بیماری شانکر در مرکبات است.برای شناسایی صحیح عوامل شانکر باکتریایی مرکبات و نیز سایر باکتری های بیماری زای گیاهی در ایران استفاده از تاکسونومی پلی فازی و چندجانبه پیشنهاد می شود. با توجه به تفاوت علائم در شانکر تیپیک و غیرتیپیک، آزمون های بیماری زایی دقیق و گسترده با بررسی دقیق علائم بیماری و دامنه میزبانی پاتوژن که با توان بیماری زایی آن در ارتباط است، و نیز بررسی های ژنوتیپی عوامل دخیل در بیماری زایی می تواند در تشخیص دقیق عوامل بیماری شانکر مفید باشد.

گونه های آسپرژیلوس غالباً میکروارگانیسم های فرصت طلب می باشند که به شکل ساپروفیتی برروی مواد آلی قادر به رشد و فساد آن ها می باشند. مطالعات گسترده ای در مورد گونه های آسپرژیلوس موجود در جیره های غذایی مختلف صورت گرفته و نتایج این بررسی ها نشان می دهد که برخی از گونه ها ممکن است به جیره های خاصی تمایل بیشتری داشته باشند. حضور برخی از گونه های آسپرژیلوس بر روی جیره های غذایی، طبیعی بوده و در صورت عدم رشد بی رویه، خطرات بهداشتی به دنبال ندارند ولی برخی از گونه ها توکسین زا هستند و این توکسین ها در بسیاری از محصولات کشاورزی تولید شده و نسبت به آسیاب کردن و مراحل آماده سازی و فرآوری هم مقاوم می باشند برخی از گونه ها باعث ایجاد مایکوتوکسیکوزیس حاد یا مزمن در پرندگان و دام ها شده و در انسان نیز باعث آلودگی به صورت مستقیم یا غیرمستقیم در اثر مصرف فرآورده های دامی می شود. ویژگی بارز جنس آسپرژیلوس در شناسایی مورفولوژیکی، ساختار کروی، نیمه کروی و یا گرزی شکل اندام تولید اسپور می باشد. تا کنون بیش از 300 گونه برای این جنس گزارش شده است. به منظور شناسایی گونه های آسپرژیلوس در خوراک پرندگان 49 نمونه از جیره غذایی پرندگان که بیشتر مورد استفاده قرار می گیرد شامل شاهدانه، خرفه، ذرت، سورگوم، کتان، ذرت ایتالیایی، ارزن، گندم، دان مخلوط و سبوس برنج،. استارتر (پیش دان)، رشد دانه (میان دان) و پایان دان (پس دان) از فروشگاه های تهیه و توزیع خوراک پرندگان از استان های یزد (شهرستان یزد)، استان لرستان (شهرستان خرم آباد)، استان مازندارن (شهرستان بابلسر)، استان آذربایجان شرقی (شهرستان سراب)، استان آذربایجان غربی (شهرستان شاهین دژ)، استان اردبیل (شهرستان مشکین شهر)، استان خراسان رضوی (شهرستان درگز)، استان فارس (شهرستان اقلید) و استان کرمان (شهرستان رفسنجان) تهیه و میزان آلودگی آن ها به قارچ آسپرژیلوس بررسی گردید. جداسازی قارچ به روش کشت مستقیم روی محیط کشت سیب زمینی دکستروز آگار و کاغذصافی استریل مرطوب و همچنین روش سری رقت انجام شد. از بین این روش ها، کاغذصافی مرطوب نتایج بسیار بهتری نسبت به دو روش دیگر داشت زیرا که جدایه های بیشتری از آن به دست آمد. در این تحقیق 175 جدایه، خالص سازی و نگه داری شد، که براساس بررسی های مورفولوژیکی اولیه تعداد 61 جدایه به منظور شناسایی نهایی و شناسایی مولکولی انتخاب شد. شناسایی مولکولی جدایه های انتخاب شده جنس آسپرژیلوس با استفاده از نشانگر rep-pcr و مقایسه دندروگرام حاصل از این نشانگر با شجره های فیلوژنتیکی گونه های مرجع شده انجام شد، تجزیه و تحلیل خوشه ای به روش upgma، (unweighted pair group method with arithmetic average) و نرم افزار ntsyspc-2.o2e انجام شد و دندروگرام مربوطه رسم گردید. در این تحقیق هشت گونه شناسایی شد که این گونه ها شامل گونه های aspergillus japonicus ، a. tubingensis از بخش nigri، a. flavus، a. tamarii، ،a. parasiticus از بخش flavi، a. ochraceus از بخش circumdati، a. fumigatus از بخش fumigati و a. terreus از بخش terrei شناسایی گردید. به منظور بررسی امکان شناسایی مورفولوژیکی، خصوصیات میکروسکوپی و ماکروسکوپی در محیط های کشت mea) malt extract agar, ( و cz) (czapek dox agar, به صورت سه نقطه ای بعد از هفت روز بررسی شد. در میان جدایه های بررسی شده گونه a. flavus بیش ترین فراوانی را داشت

استان البرز به دلیل دارا بودن شرایط اقلیمی مناسب و ظرفیت های خاص یکی از مهم ترین استان های کاشت درختان میوه به ویژه هسته دار، دانه دار و گردو است. بیماری های باکتریایی از مهم ترین عوامل خسارت زا در درختان میوه این استان هستند که سبب کاهش چشمگیر محصول و نابودی سریع می گردند. از آنجایی که تحقیق جامع و دقیق در خصوص حضور یا عدم حضور عوامل بیمار گر باکتریایی این درختان در استان البرز وجود ندارد، لزوم ارزیابی دقیق و شناسایی این عوامل احساس می شد. علاوه بر آن با توجه به اینکه بعضی از عوامل مهم باکتریایی در کشور قرنطینه می باشند، با در نظر گرفتن شیوع بیماری های باکتریایی این درختان شناسایی و ردیابی موثر، سریع و مطمئن عامل بیماری لازم به نظر می رسید. به منظور شناسایی عوامل بیمارگر باکتریایی مهم، نمونه برداری تصادفی از باغ های شهرستان های مختلف استان انجام گردید. برخی از آزمون های معمول فنوتیپی، بیوشیمیایی و بیماری زایی در شرایط درون شیشه ای و طبیعی انجام و جدایه ها به صورت مقدماتی مورد شناسایی قرار گرفتند. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی موجود شامل، ea1/ea2، f1/c3، sphig1/sphig2، ps-for/ps-rev و syrb1/syrb2 شناسایی مولکولی مقدماتی انجام گرفت. مقایسه الگوی اثر انگشتی dna ژنومی به روش rep-pcr انجام شد و نمایندگانی برای بررسی انتخاب گردید. بخشی از ژن 16s rdna، reca و rpod نیز تکثیر و توالی یابی شد. نتایج کلی این پژوهش سبب شناسایی و ردیابی جنس ها و گونه های مختلف از باکتری های معرفی شده و جدید از درختان میوه هسته دار، دانه دار و گردو گردید از قبیل sp. stenotrophomonas، pantoea agglomerans، erwinia tasmaniensis، e. persicina،e. rhapontici ، e. amylovora،serratia marcescens ، pseudomonas syringae، p. fluorescens، microbacterium sp.، brenneria nigrifluens. تعداد زیادی از این باکتری ها اختصاص به خانواده enterobacteriaceae داشت. گونه های e. persicina و e. tasmaniensis نخستین بار از ایران گزارش شدند. علاوه بر آن برای اولین بار باکتری های sp. stenotrophomonas، e. rhapontici، serratia marcescens و e. amylovora از درختان هسته دار در ایران، p. syringae از درختان میوه دانه دار و b. nigrifluens از درختان گردو در استان البرز گزارش شدند. نتایج کلی این پژوهش نشانگر اهمیت فراوان بازبینی اطلاعات در خصوص عوامل بیمارگر باکتریایی در استان البرز است.

در حدود 900 استرین باکتریایی که از ریزوسفر گیاهان و از مناطق مختلف ایران بدست آمدند، از لحاظ قابلیت بیوکنترلی در شرایط آزمایشگاهی و گلخانه در برابر gaeumannomyces graminis var. tritici عامل بیماری پاخوره غلات مورد بررسی قرار گرفتند. در نهایت بهترین استرین (vupf5) از لحاظ توانائی بیوکنترلی در آزمایشگاه و نیز شرایط گلخانه ای، برای مطالعات بعدی انتخاب گردید. استرین vupf5 در برابر بیماری پاخوره غلات در حدود 85% بازدارندگی از خود نشان داد. بر اساس آزمون های بیوشیمیایی و مورفولوژیکی این جدایه متعلق به گونه pseudomonas fluorescens می باشد. این استرین قابلیت تولید متابولیت های ثانویه مثل سیدروفور، سیانید هیدروژن، پروتئاز، فنازین و متابولیت های فرار را دارا می باشد. پایداری ژنتیکی vupf5 به عنوان یک استرین برتر برای کنترل بیماری پاخوره گندم مورد مطالعه قرار گرفت. بررسی ثبات ژنتیکی استرین برحسب تکثیر باکتری در محیط کشت مایع صورت گرفت. سیستم gacs/gaca به عنوان سیستم تنظیم کننده مهم در تولید متابولیت های ثانویه شناخته شده است و در خصوصیات بیوکنترلی fluorescent pseudomonadsدخیل می باشد. در طی تکثیر کلونی های متفاوتی از لحاظ مورفولوژیکی مثل رنگ (سفید به جای نارنجی) و شکل کلونی (تقریباً صاف و بزرگ تر) نسبت به کلونی های اولیه یافت شدند و ph محیط کشت در کلونی های متفاوت بیشتر بود. تولید برخی متابولیت ها مثل پروتئاز، سیانید هیدروژن و فنازین مورد بررسی قرار گرفتند. همچنین موتانت ها در مقایسه ژنتیکی بر اساس rapd-pcr با تیپ وحشی متفاوت بودند. ژن gaca در استرین vupf5 و کلونی های موتانت ردیابی شد. این پژوهش نشان داد که کلونی هایی با کارائی پایین در تولید متابولیت های ثانویه احتمالاً با موتاسیون در ژن های gaca و gacs مرتبط می باشند. به منظور افزایش جمعیت باکتریایی و کاهش درصد موتاسیون در آن ها، حدود 31 محیط کشت با یکدیگر مورد مقایسه و ارزیابی قرار گرفتند. از این میان محیط کشت حاوی ملاس، جوانه گندم، سویا، شکر، سیب و سولفات منگنز به عنوان بهترین محیط کشت از لحاظ جمعیت باکتری در بین محیط ها شناخته شد. جمعیت باکتری در این محیط کشت در حدود 1010× 56/5 سلول باکتری ارزیابی شد. این محیط کشت از لحاظ ثبات ژنتیکی استرین vupf5 با سایر محیط ها مورد بررسی قرار گرفت. اضافه کردن سولفات روی به جای سولفات منگنز در این محیط کشت سبب افزایش چشمگیری در حفظ کلونی های تیپ وحشی، کاهش ایجاد موتاسیون و تکثیر کلونی های موتانت شد. استرین تیپ وحشی و موتانت های سفید حاصل از این محیط کشت برای بررسی فعالیت آنتاگونیستی این استرین ها در کنترل بیماری پاخوره غلات روی میزبان گندم مورد بررسی قرار گرفتند.

حد نصاب حس گری qourum sensing، مکانیسم ارتباط سلولی همراه با تولید مولکول های کوچک پیام رسان است که وظایف مهمی را در باکتری ها تنظیم می کند. بعضی گیاهان ترکیباتی تولید می کنند که فعالیت های مولکول های سیگنالی آسیل هموسرین لاکتون را در باکتری ها تقلید می کنند. در این پژوهش تولید ترکیبات تحریک کننده حد نصاب حس گری در مرحله رویشی 35 گونه گیاهی با استفاده از باکتری اندیکاتورchromobacterium violaceum cv026 روی محیط کشت luria bertani )lb) ردیابی شد. عصاره گیری از گیاهان به طرق مختلف با کمک اتیل استات انجام گرفت. نتایج نشان که عصاره گیاهان لوبیا، کاهو، شنبلیله، شبدر و تره باعث تولید رنگدانه بنفش ویولاسئین در کلونی های باکتری بیواندیکاتورchromobacterium violaceum cv026 شده اند که بیان گر وجود مولکول های شبه ahls bhl) یا (c6- hslدر عصاره این گیاهان است. هم چنین کروماتوگرافی صفحات نازک tlc برای ردیابی این ترکیبات انجام گرفت. 10 میکرولیتر از عصاره گیاهان تغلیظ شده روی صفحه سیلیکاژل (18-c) لکه گذاری شد. نتایج کروماتوگرافی مانند روش قبل نشان داد که عصاره گیاهان لوبیا، کاهو، شنبلیله، تره به استثناء شبدر رنگدانه بنفش ویولاسئین را تولید می کنند. ترکیبات تقلید کننده ahls در گیاهان نقش مهمی در درک برهم کنش بین گیاهان عالی با باکتری های ساپروفیت، همزیست و بیماری زا دارد. علاوه بر این در این پژوهش تأثیر عصاره گیاهان حاوی ترکیبات تقلیدکننده مولکول های سیگنالی باکتری روی شدت بیماری زایی باکتری مولد پوسیدگی نرم سیب زمینی، pectobacterium carotovorum مورد بررسی قرار گرفت. آزمایش در قالب طرح کاملاًٌ تصادفی با 13 تیمار و هر تیمار با 3 تکرار انجام گرفت. تیمارها شامل(20 میکرولیترعصاره گیاهی+20 میکرولیتر سوسپانسیون باکتری 103cfu ، 20 میکرولیتر عصاره گیاهی+ 20 میکرولیتر باکتری 105cfu و سوسپانسیون باکتری 106cfu به تنهایی) بودند. غده های ضدعفونی شده سیب زمینی با نسبت مختلف سوسپانسیون باکتری و عصاره های گیاهی تلقیح و به مدت 72 ساعت در دمای°c 30 و رطوبت 80 درصد انکوبه شدند. نتایج نشان داد عصاره گیاهان لوبیا، کاهو، شنبلیله و تره که قبلاً خاصیت تحریک کنندگی حد نصاب حس گری در آن ها اثبات شده بود، باعث افزایش شدت علائم پوسیدگی نرم غده ها در غلظت های 103cfu باکتری شدند.

سیب زمینی، گیاهی یک ساله با نام علمی solanum tuberosum و متعلق به تیره ی solanaceae می باشد. اردبیل رتبه دوم را در تولید این محصول، در ایران دارد. ساق سیاه و پوسیدگی نرم سیب زمینی از بیماری های مهم باکتریایی این محصول بوده که با توجه به شرایط آب و هوایی مرطوب در اردبیل، در این منطقه شیوع بیش تری دارد. به منظور شناسایی عامل پوسیدگی نرم و ساق سیاه سیب زمینی، ارزیابی روش های فنوتیپی، در تفکیک انتروباکترهای پکتولیتیک و تعیین شدت بیماری در این منطقه، در سال 91 از انبارها و مزارع این استان نمونه های گیاهی با علایم ساق سیاه و پوسیدگی نرم، 511 نمونه جمع آوری شده و 53 جدایه پکتولیتیک جداسازی شد. پس از جداسازی گونه های پکتولتیک و اثبات بیماری زایی، از نظر ویژگی های فنوتیپی، مورد بررسی 2قرار گرفته و با جدایه های استاندارد مقایسه گردیدند. شدت لهیدگی جدایه های مورد بررسی نیز تعیین گردید و درصد آلودگی هر منطقه به جدایه های پکتولیتیک برآورد شد. کلیه جدایه ها گرم منفی، اکسیداز منفی، بی هوازی اختیاری و کاتالاز مثبت بودند. نیترات را احیاء، از سیستئین h2s تولید نموده و روی محیط کشتemb کلنی های سبز متالیک ایجاد کردند. جدایه‎ ها قادر به ایجاد لهیدگی در غده سیب زمینی و ایجاد ساق سیاه در بوته ی گیاه سیب زمینی بودند. نتایج آزمون های فنوتیپی افتراقی ویژه انتروباکترهای پکتولیتیک تنوع بالایی را میان جدایه ها نشان داد. طبق این نتایج جدایه ها در شش گروه مختلف طبقه بندی شدند. جدایه های گروه اول بر اساس خصوصیات بیوشیمیایی و افتراقی به گونه ی pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum، گروه دوم به pectobacterium wasabiae، گروه سوم به گونه ی pectobacterium atrosepticum و جدایه های گروه چهارم به dickeya chrysantemi شبیه بودند. گروه پنجم شامل دو جدایه بوده و خصوصیات این جدایه ها، حد واسط گونه هایpcc و dch بود. گروه ششم که فقط دربرگیرنده یک جدایه می شد، بر اساس ویژگی های فنوتیپی به هر دو گونه pcc و pw شبیه بوده و بینابین این دو گونه قرار گرفت. شدت لهیدگی 18 جدایه پکتولیتیک مورد بررسی قرار گرفته و در سطح احتمال 5 درصد مقایسه شدند. درصد آلودگی هر منطقه نیز برآورد شد. منطقه کلخوران با 18.75 درصد آلودگی، بیش ترین میزان آلودگی را به باکتری های پکتولیتیک در بین مناطق نمونه برداری شده داشت.

در بهار سال 1392 در باغ¬های به منطقه شهربابک واقع در 230 کیلومتری غرب استان کرمان، علائمی شبیه به آتشک برروی در ختان به در مرحله گلدهی و میوه نارس مشاهده گردید. نمونه¬ها از شاخه¬های جوان بیمار و میوه¬ها انتخاب گردید. باکتری¬ها با شستشوی بافت¬ها و کشت در محیط نوترینت آگار جداسازی گردید. به وسیله کشت مجدد بر روی محیط کشت پرگنه¬هایی که مورفولوژی شبیه erwinia amylovoraداشتند، خالص سازی گردید. ابتدا تمام جدایه¬ها را بر اساس ویژگی¬های مورفولوژی کلونی و آزمون¬های بیوشیمیایی و فیزیولوژی متمایز گردیدند. اکثر جدایه¬ها، مرفولوژی پرگنه یکسانی با جدایه مرجع e. amylovora نشان دادند. جدایه¬ها در آزمون¬های اکسیداز، اوره آز، ایندول،تولید رنگدانه فلوروسنت در محیط کینگ بی (تحت اشعه یو وی) و رشد در دمای 39 درجه سانتی¬گراد عملکرد منفی و در آزمون¬های لوان ، بی هوازی ، تولید مواد احیاء کننده از سوکروز، استواین و سیترات عملکرد مثبت داشتند. بیش از 95 درصد از جدایه¬ها موجب ذوب ژلاتین واحیا نیترات و موجب تولید اسید از قندهای سلوبیوز، بتا متیل دی گلوکوزید و سالیسیلین گردیدند. به مدت چهار هفته،علائم بر روی برگ¬های مایه زنی شده شامل تغییر رنگ و قهو¬ه¬ای شدن و تولید تراووشات باکتریایی در طول رگبرگ های مایه زنی شده ظاهر گردید. تراووشات باکتریایی سفید شیری رنگ برروی بافت¬های نکروتیک میوه¬ نارس به مایه زنی شده گسترش یافت که در شواهد منفی هیچ گونه علائمی مشاهده نشد. مجددا از بافت¬های علایم دار، باکتری¬های با پرگنه و ویژگی¬های مشابه e. amylovora جداسازی شد. وقوع آتشک در شهر بابک تهدید جدی برای تولید میوه به ، به وجود آورده است. این اولین گزارش از بیماری آتشک بر روی درخت به در استان کرمان توسط بیوار دو e. amylovora می¬باشد

درخت انجیلی با نام علمی persica parrotia از تیره hamamelidaceae است. این درخت به واسطه مصون ماندن از یخبندان دوره سوم زمین شناسی در ایران برجا مانده و در بسیاری از نقاط در اثر یخبندان عمومی از بین رفته است. این گیاه به عنوان یکی از ذخایر ژنتیکی گیاهی در جنگل های شمال محسوب می شود. کاربرد شاخ و برگ و چوب این گیاه در مصارف مختلف و زیبایی منحصر به فرد آن در فصول مختلف سال بر اهمیت آن می افزاید. در سال 1373علائم لکه برگی زاویه ای به رنگ قهوه ای تا قهوه ای تیره روی برگ های این گیاه در جنگل های مازندران مشاهده و با بررسی های به عمل آمده عامل بیماری باکتری pseoudomonas syringaeاعلام شد. در سال های 1385تا 1391 با نمونه برداری های مکرر برگ های گیاهان آلوده ردیابی و به آزمایشگاه منتقل شد. پس از جداسازی، باکتری ها با استفاده از آزمون های گروه lopat بررسی شدند. آزمون های فنوتیپی و آزمون های بیماری زایی روی تعدادی از گیاهان و ردیابی برخی ژن ها و تعیین توالی چند ژن نیمه حفاظت شده انجام شد. واکنش زنجیره ای پلی مراز با استفاده از نشانگر box-pcr همگن بودن نسبی 30 جدایه بدست آمده را تایید کرده و نمایندگان جدایه ها برای آزمون های بعدی انتخاب گردید. بر اساس بررسی های انجام شده، این باکتری در ویژگی های فنوتیپی بسیار شبیه به pseoudomonas syringae بود ولی در آزمون های بیماری زایی دامنه میزبانی این گونه نتایج متفاوت بود. بر اساس توالی یابی ژن های gyrb ،rpod ، glta وgapa و رسم درخت فیلوژنتیکی عامل بیماری لکه زاویه ای برگ گیاه انجیلی در گونه ژنومی دو جای گرفت. با توجه به تفاوت در دامنه میزبانی و ویژگی های متفاوت ژنتیکی احتمالا عامل بیماری پاتووار توصیف نشده ای از جنس سودوموناس بوده و در جایگاه تاکسونومیکی جدیدی قرار خواهد گرفت که آزمون های و بررسی های بیشتری برای تکمیل اطلاعات مورد نیاز در شناسایی و تعیین موقعیت دقیق تاکسونومی این باکتری لازم است.

بلاست باکتریایی یکی از بیماری های مهم مرکبات شمال ایران می باشد که به وسیله گونه هایی از جنس سودوموناس (pseudomonas spp.) ایجاد می شود. این بیماری در فصول سرد و خنک و یا بلافاصله پس از آن باعث ایجاد آسیب قابل توجهی به درختان می گردد. کنترل بیولوژیک می تواند روشی موثر برای کنترل این بیماری باشد. به منظور بررسی امکان کنترل بیولوژیک بیماری، در سال 1392 نمونه هایی از برگ مرکبات سالم، از مناطق مختلف استان های مازندران، گیلان و گلستان جمع آوری شد و فعالیت بیوکنترلی باکتری ها و مخمرهای جداشده از نمونه های مذکور، در شرایط گلخانه و آزمایشگاه مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج ارزیابی گلخانه ای نشان داد که برخی جدایه های باکتریایی و مخمری، توانستند سبب کاهش 66 تا 80 درصدی علایم بیماری گردند. همچنین برخی از این جدایه ها توانستند جمعیت پاتوژن ها را 37 تا 76 درصد کاهش دهند. ارزیابی آزمایشگاهی از جمله بررسی هاله ممانعت از رشد، متابولیت های بازدارنده خارج سلولی، تولید آنتی-بیوتیک و سیدروفور بازدارنده، توان تشکیل بیوفیلم و غیره نشان داد که این جدایه ها پتانسیل کنترل این بیماری را دارند. برای شناسایی جدایه های باکتریایی برتر، بخشی از ناحیه 16s rdna آن ها با بکارگیری آغازگر اختصاصی تکثیر و تعیین ترادف شد. با مقایسه نتایج در پایگاه اینترنتی ncbi، جدایه های برتر به عنوان pseudomonas monteilii، stenotrophomonas maltophilia، serratia marcescens، bacillus sp. شناسایی شدند. این جدایه های باکتریایی به همراه جدایه مخمری j20، بیماری بلاست را بهتر از سایر گونه های رورست کنترل نمودند

تحقیق حاضر با هدف ارزیابی توانایی جدایه های pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum (pcc) ایرانی از نظر تولید باکتریوسین به عنوان ابزاری برای کنترل بیماری پوسیدگی نرم سیب زمینی انجام گرفته است. از مجموع 51 جدایه بدست آمده، 30 جدایه در آزمونهای فنوتیپی و مولکولی به عنوان pcc شناخته شدند. آزمون بیماریزایی و قابلیت جدایه ها در تجزیه پکتین در 13 جدایه مثیت ارزیابی گردید. بر اساس الگوی تولید مواد ضد باکتریایی، 30 جدایه بررسی حاضر به همراه 5 جدایه بیماریزای بومی دیگر و 5 جدایه استاندارد در 3 گروه قرار گرفتند. اکثریت جدایه های تولید کننده به استثنای اعضای گروه ii، فعالیت ضد باکتریایی علیه جنس های خویشاوند نشان داده و نقش نور ماوراء بنفش و میتومایسین سی القا کننده می باشد. جدایه های متعلق به گروه ii اثرات ضد باکتریایی کمی نشان داده و کاربرد نالیدیکسیک اسید و گلوکز در القاء مواد ضد میکروبی مثبت ارزیابی گردید. هیچکدام از جنس های غیر خویشاوند به جز rhizobium vitis به باکتریوسین تولیدی توسط جدایه های pcc حساسیت نشان ندادند. ردیابی مولکولی چهار باکتریوسین شامل کارتووریسین، کاروسین های s1، s2 و d انجام پذیرفت. در مجموع % 5/54 اعضای گروه i و 50% از جدایه های دو گروه دیگر حامل ژنهای کلاستر کارتووریسین بودند. همچنین در چهار جدایه ژن تولید کاروسین s1 ردیابی گردید. بر اساس مقایسات آزمایشگاهی و مولکولی، به نظر می رسد اثرات بازدارندگی جدایه های تولید کننده با نوع القاء کننده و یا داده های واکنش زنجیره ای پلیمراز همبستگی ندارد. نتایج تحقیق حاضر الگوهای متنوع ضد باکتریایی برای جدایه های pcc ایران نشان داده که دلالت بر وجود احتمالی باکتریوسین های جدید می باشد. بر پایه یافته های این بررسی، کاربرد مستقیم جدایه تولید کننده چون p29 و یا بیان ژنهای کد کننده باکتریوسین از جدایه های pog22 و p21 در جدایه غیر بیماریزا، به عنوان عامل کنترل بیولوژیک بیماری پوسیدگی نرم سیب زمینی پیشنهاد می شود.