در ایران، سیب به سبب نزدیکی به مرکز تنوع آن (آسیای صغیر) دارای تنوع ژنتیکی بالایی است. سیب گوشت قرمز ایرانی یک گونه وحشی است که دارای رنگیزه آنتوسیانین در کورتکس خود می باشد. آنتوسیانین موجود در این سیب نه تنها ظاهر بسیار جذابی به میوه می دهد بلکه دارای خواص دارویی زیادی است. با توجه به وجود این گونه در بسیاری مناطق ایران، بررسی تنوع ژنتیکی موجود در حائز اهمیت است. بدین منظور 8 ژنوتیپ گوشت قرمز (حاجی قرمز، گوشت قرمز، عروس گوشت قرمز، شاهرود-10،b.9 ، قزوین-1، قزوین-2و قزوین-3) و 12 رقم تجاری ایرانی و خارجی (شفیعی، گلاب کهنز، جاناتان، گلدن دلیشز، گرانی اسمیت، سلطانی شبستر، فوجی، رددلیشز، حیدرزاده، گلاب صحنه، گالا و شفیع آبادی) انتخاب شد. از آنجا که قابلیت استفاده از نشانگرهای ریزماهواره برای مطالعات ژنتیکی سیب مخصوصا بررسی تنوع ژنتیکی آن ثابت شده است، به منظور بررسی تنوع ژنتیکی این ژنوتیپ ها، تعداد 11 نشانگر ریزماهواره انتخاب شد که 7 تای آنها چندشکلی خوبی نشان دادند. پارامترهای مربوط به تنوع ژنتیکی به کمک نرم افزار popgene ver. 1.3 اندازه گیری شد و تجزیه خوشه ای داده ها به وسیله نرم افزار ntsys ver.2.02 انجام گرفت. براساس دندروگرام مربوط به نشانگرهای ریزماهواره، کل ژنوتیپ ها در 6 گروه جای گرفتند. گروه اول شامل حاجی قرمز، قزوین-1، قزوین-2 و قزوین-3، گروه دوم شامل گلاب کهنز و گلاب صحنه، گروه سوم شامل شاهرود-10، سلطانی شبستر و حیدرزاده، گروه چهارم شامل گوشت قرمز، شفیعی، b.9، گرانی اسمیت، گلدن دلیشز، گالا و شفیع آبادی، گروه پنجم شامل جاناتان، فوجی و رد دلیشز و در نهایت گروه ششم فقط شامل عروس گوشت قرمز بود. همچنین برای کل ژنوتیپ ها، 17 صفت مورفولوژیکی ارزیابی شد و گروه بندی مربوط به صفات مورفولوژیکی و تخمین فاصله ژنتیکی به کمک نرم افزار spss ver. 17 انجام گرفت. بر اساس دندروگرام حاصل از صفات مورفولوژیک، کل ژنوتیپ ها در 5 گروه، دسته بندی شدند. گروه اول شامل قزوین -1، قزوین-3، قزوین-2 و حاجی قرمز، گروه دوم شامل گلاب کهنز و سلطانی شبستر، گروه سوم شامل b.9، گروه چهارم شامل گالا، شفیع آبادی، گرانی اسمیت، گلدن دلیشز، شفیعی، حیدرزاده، گلاب صحنه، گوشت قرمز، شاهرود-10 و عروس گوشت قرمز وگروه پنجم فقط شامل جاناتان، فوجی و رد دلیشز بود. هر دو روش (نشانگرهای ریزماهواره و صفات مورفولوژیک) در ارزیابی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ های بررسی شده کارامد ارزیابی شدند و نتایج حاصل از آزمون مانتل مطابقت تقریبی این دو روش را نشان داد.

سیب با نام علمی malus domestica borkh. متعلق به خانوادهrosacease و زیرخانواده pomoideae است. ایران به دلیل نزدیکی به منشا پراکنش سیب (آسیای مرکزی)، دارای تنوع ژنتیکی زیادی از ارقام سیب است. سیب های بومی گوشت قرمز و گلاب، دو گروه از سیب های ایرانی هستند که دارای تنوع ریخت شناسی و ژنتیکی قابل ملاحظه ای می باشند. اما در مورد خصوصیات فیتوشیمیایی و سطح پلوئیدی آنها، اطلاعات چندانی در دسترس نیست. در این تحقیق، دو ژنوتیپ سیب گوشت قرمز، چهار رقم سیب گلاب و رقم تجاری ‘گالا’ انتخاب شدند. در آزمایش اول، مهمترین خواص فیزیکی و شیمیایی این دو گروه سیب بررسی شد. در آزمایش دوم، با توجه به اهمیت ترکیبات فنلی، نیمرخ چهار ترکیب فنلی مهم در سیب شامل کلروژنیک اسید، کوئرستین 3-o-گالاکتوزید، کاتچین و همچنین، محتوای فنل کل به روش فولین-سیوکالتو و خاصیت ضد اکسایشی به روش مهار رادیکال آزاد dpph در هر یک از بخش های پوست + گوشت و گوشت ارقام و ژنوتیپ ها تعیین شد. همچنین، نیمرخ آنتوسیانین به طور جداگانه در پوست و گوشت میوه ی سیب گوشت قرمز با روش ms/ms-lc (دوگانه) به دست آمد و در مجموع، 11 نوع آنتوسیانیدین در پوست و گوشت این دو ژنوتیپ شناسایی شد. در آزمایش سوم، به منظور بررسی سازوکار آنزیمی در چرخه ی فنلی سیب گوشت قرمز، فعالیت ویژه ی مهمترین آنزیم های چرخه شامل فنیل آلانین آمونیا لیاز (pal)، چالکون سینتاز (chs)، دی هیدرو فلاونول 4- ریدوکتاز (dfr)، فلاوانون 3- هیدروکسیلاز (f3h یا fht) و فلاونول سینتاز (fls) برای برگ، گوشت میوه و کل اجزای میوه (پوست، گوشت و بذر میوه) در 8 ژنوتیپ سیب گوشت قرمز و معمولی خارجی و در 3 تاریخ مختلف نمونه گیری اندازه گیری شد. براساس نتایج به دست آمده، الگوی فعالیت ویژه ی آنزیمی در اجزای مختلف برگ، گوشت میوه و کل اجزای میوه، در ژنوتیپ های مختلف و در زمان های مختلف متفاوت بود.در آزمایش چهارم، با توجه به تنوع موجود در سطح فیزیکوشیمیایی و فیتوشیمیایی سیب های گوشت قرمز و گلاب، اندازه ژنوم و سطح پلوئیدی آنها که اهمیت زیادی در برنامه های اصلاحی دارد، با استفاده از فلوسایتومتری و رنگ آمیزی پروپیدیوم یدید مشخص شد.