ویروس آنفولانزای مرغی از جنس آنفولانزا ویروس a و از خانواده ارتومیکسوویریده می باشد . هدف از این تحقیق کلون کردن و تعیین توالی ژن کد کننده پروتئین ns1 از یک جدایه ی بومی ویروس آنفولانزای مرغی تحت تیپ h9n2 بود. پروتئین ns1 جهت طراحی تست الیزا، برای تفریق طیور عفونی از طیور واکسینه شده، استفاده می شود. بدین منظور ابتدا براساس چندین توالی نوکلئوتیدی ns1، از ویروس آنفولانزای مرغی h9n2 که از منابع اطلاعاتی استخراج شدند، پرایمرهای لازم طراحی شدند. سپس ژن ns1 با استفاده از روش rt – pcr تکثیر داده شد. وکتور pmal-cx و ژن تکثیر یافته ns1 هر دو توسط آنزیم های محدود الاثر هضم و سپس با استفاده از آنزیم لیگاز t4به همدیگر پیوند داده شدند. در مرحله بعد این ساختار به باکتری tg1 منتقل شد و وکتور نوترکیب خالص شده جهت تعیین توالی مورد استفاده قرار گرفت. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که توالی ژن ns1 از جدایه اهواز بیشترین قرابت فیلوژنی را با جدایه های اخیر استان تهران دارد و در زیر گروه iii از دسته ی اورآسیای جدایه های h9n2 قرار دارد.