در این تحقیق به بررسی و مقایسه روش های متفاوت استخراج بر روی میزان و خلوص رنگدانه پروتئینی فایکوسیانین و مقایسه خاصیت آنتی اکسیدانی عصاره های استخراجی با این روش ها پرداختیم. این روش ها شامل ذوب و انجماد، استخراج بر روی شیکر، استخراج به کمک مایکروویو و اولتراسوند می باشند. در طراحی آزمایشات از طرح آماری فاکتوریل کامل با سه تکرار استفاده شده و نتایج حاصل با استفاده از نرم افزار آماری design expert مورد آنالیز قرار گرفت. نتایج حاصل به منظور بررسی اثر دو فاکتورph و زمان بر پاسخ های میزان رنگدانه استخراجی، فاکتور خلوص این رنگدانه و خاصیت آنتی اکسیدانی عصاره های استخراجی که به صورت ec50 گزارش شده، مدلی بر داده های حاصل از هر آنالیز برازش شد. نتایج حاصل بیانگر اثر بسیار معنی دار دو فاکتورph و زمان و اثر متقابل آن ها بر روی هر یک از پاسخ ها می باشد. یافته ها نشان می دهد که استخراج با کمک مایکروویو در8 ph=در زمان 25 ثانیه و به دنبال آن اعمال تنها یک سیکل ذوب و انجماد می تواند فایکوسیانین را به مقداری بالاتر از 7دقیقه اعمال تیمار اولتراسوند، که ماکزیمم مقدار فایکوسیانین را در 8 ph=استخراج می کند، و به مقدار برابر با استخراج 24 ساعته بر روی شیکر در بافر تریس با 8ph=، استخراج نماید. از سوی دیگر فایکوسیانین استخراجی با شرایط ذکر شده نه تنها بالاترین مقدار را دارد بلکه بالاترین نرخ خلوص را نیز به خود اختصاص می دهد. بررسی خاصیت آنتی اکسیدانی این عصاره ها نیز نشان دهنده کمترین میزان ec50 یا به عبارت دیگر بالاترین مقدار خاصیت آنتی اکسیدانی برای عصاره استخراج شده در این شرایط در مقایسه با سایر phها و روش های مورد مطالعه در این پایان نامه می باشد.