فاطمه زارع میرک آباد
دانشگاه صنعتی امیرکبیر
[ 1 ] - پیدا کردن موتیف در نواحی بالادست ژن های هم بیان بر اساس الگوریتم بهینه سازی فاخته و سرمایش تدریجی
چکیده: در این مقاله برای حل مسئله کشف موتیف یک روش ترکیبی جدید بر اساس الگوریتم بهینهسازی فاخته، روش سرمایش تدریجی و بیشینهسازی زمان انتظار بهنام SA-COAMF ارائه میشود. این روش ترکیبی در همگرایی بهینه سراسری بسیار کارآمد است. یکی دیگر از ویـژگـیهـای شـاخـص ایـن الـگوریتـم، بهـره بـردن از هـر دو مـدل نمـایـش مـوتیـف (تـوالـی اجمـاع و مـاتـریـس احتمـالاتی) اسـت. عملکرد الگوریتم پیشنهادی بر ...
[ 2 ] - کاهش بعد داده‌های توالی جایگاه‌های پیوند روی ژنوم انسان با استفاده از شبکه‌ی عصبی عمیق اتوانکودر
استفاده از توالیهای نوکلئوتیدی ژنوم به عنوان سیگنالهای بیوشیمیایی در روشهای یادگیری ماشین، با تبدیل این توالیها به کدهای عددی امکانپذیر است و این تبدیل باعث افزایش غیرواقعی بعد دادهها شده و انجام عملیاتهای تحلیل داده، مانند بصریسازی و استخراج ویژگی را با محدودیتهایی روبه‌رو میسازد. از این‌رو، باید با استفاده از روشهای کاهش بعد، دادهها را به فضای واقعی برگرداند. در این پژوهش از یک شب...
[ 3 ] - پیشگویی دقیق ساختار دوم RNA مبتنی بر الگوریتم ژنتیک
مولکول RNA نقش مهم و اساسی در فرآیندهای زیستی ایفا می¬کند. در بیشتر مواقع، عملکرد RNAها توسط ساختار آنها مشخص می¬شود. با توجه به پیچیدگی و هزینه بر بودن روش¬های آزمایشگاهی برای پیشگویی ساختار RNAها، از روش¬های محاسباتی استفاده می¬گردد. الگوریتم¬های متنوعی جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول RNA وجود دارد. در این مقاله، یک الگوریتم ژنتیک بنام RNAG جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول RNA براساس حداقل انرژی ...
[ 4 ] - کشف رابطه‌ی میان تنظیم بیان ژن‌ها و تغییرات هیستون استیلاسیون با استفاده از شبکه عصبی
استیلاسیون پروتئین‌های هیستونی یکی از مهم‌ترین فرآیندهای اپی‌ژنتیکی است که به منظور تنظیم بیان ژن‌ها رخ می‌دهد. کروماتین به واسطه‌ی اتصال گروه استیل به دنباله‌ی هیستونی نوکلئوزوم‌هایش، رشته‌ی DNA را در دسترس فاکتورهای رونویسی و دیگر پروتئین‌های تنظیم‌کننده‌ی بیان ژن قرار می‌دهد. مطالعات نشان داده که نوع استیلاسیون نوکلئوزوم‌ها می‌تواند در شناسایی جایگاه پیوند فاکتورهای رونویسی یک سیگنال مهم باش...
[ 5 ] - نقش شاخص‌های مرکزیت شبکه‌های اجتماعی در سازمان‌دهی فضایی مبتنی بر سوابق طراحی (مطالعۀ موردی: بخش اورژانس بیمارستان‌ها)
سازمان‌دهی فضایی، مرحله‌ای بسیار حائز اهمیت به‌خصوص در طراحی پلان‌های کارکردی است. جهت سازمان‌دهی کارکردی نیاز است فضاها به‌درستی جانمایی شوند. معماران در مراحل مختلف طراحی از سوابق طراحی بهره می‌برند. فرض اصلی این پژوهش مبتنی بر این موضوع است که می‌توان از سوابق طراحی، شاخص‌های لازم برای ارزیابی روابط فضایی پلان را در مرحله برنامه‌ریزی معماری استخراج نمود. هدف اصلی پژوهش به‌کارگیری دانش موجود ...
Co-Authors