عباس پاکدل
دانشیار، دانشکده کشاورزی، دانشگاه صنعتی اصفهان، اصفهان
[ 1 ] - فراتحلیل (متا-آنالیز) داده‌های بیان ژن بافت پستان آلوده‌شده با باکتری اشریشیاکلی در گاوهای شیری
تشخیص ژن‌های درگیر در صفات پیچیده مانند حساسیت به بیماری نه تنها میتواند موجب بهبود تشخیص و پیشگیری از بیماری مورد نظر میشود، بلکه در انتخاب راه‌های درمانی کارآمد و همچنین در انتخاب دام‌های مقاوم به اصلاحگران کمک خواهد کرد. در این تحقیق با هدف بالا بردن توان تجزیۀ آماری در شناسایی ژن‌ها و مسیرهای زیستی (بیولوژیکی) درگیر در بیماری ورم پستان، از فراتحلیل به روش Fisherبرای یکی کردن p-valueهای ب...
[ 2 ] - شناسایی یک چندشکلی جدید در راه‌انداز ژن عامل رشد شبه انسولین-1 (igf1) در بلدرچین ژاپنی به روش PCR-SSCP
ژن عامل رشد شبه انسولین-1 (igf1) یک ژن کاندیدا برای بررسی صفات مرتبط با رشد، وزن بدن و رشد عضله در گونههای مختلف است. به‌منظور بررسی ارتباط این ژن با صفات رشد در بلدرچین، هشت جفت بلدرچین سفید و وحشی به‌عنوان جمعیت صفر برای تولید افراد نسل اول (f1) با یکدیگر تلاقی داده شدند. از تلاقی بین 34 قطعه بلدرچین در نسل F1، 422 قطعه بلدرچین در نسل دوّم f2)) ایجاد شد. رکوردهای مربوط به وزن بدن در سنین مختل...
[ 3 ] - برازش مدل‌های آماری به‌منظور توصیف منحنی تغییرات صفات تولید شیر و وزن بدن در طی دورۀ شیردهی در بزهای مهابادی
به‌منظور توصیف منحنی تغییرات صفات تولید شیر و وزن بدن در طی دورۀ شیردهی بزهای نژاد مهابادی، مدل‌های آماری گوناگون برازش شدند. بدین منظور از 1665 رکورد درخصوص صفات تولید شیر، درصد چربی، مقدار چربی، درصد پروتئین، مقدار پروتئین، درصد لاکتوز، و SNF و 833 رکورد مربوط به وزن بدن که به‌صورت روزانه از 123 بز در طی سال‌های 1391-1392 جمع‌آوری شده بودند، استفاده شد. به‌منظور انتخاب بهترین مدل از معیار‌ها...
[ 4 ] - تعیین برخی عوامل مؤثر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن ژنوتیپی برای استفاده در مطالعات رابطه‌یابی سراسری ژنومی در گاوهای شیری
در این مطالعه اثر دو راهبرد متفاوت، تأثیر رابطۀ خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیت‌های آزمون، و اثر فراوانی آلل نادر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن با استفاده از جمعیتی شبیه‌سازی‌شده، بررسی شد. جمعیت مرجع حاوی 1000 فرد و جمعیت‌های آزمون حاوی 500 فرد بود. ژنوتیپ افراد در جمعیت مرجع با دو تراشه تعیین شد. تراشۀ اول تراشه‌ای متراکم حاوی 75000 SNP به اضافۀ QTLهای مؤثر بر صفات بود. تراشۀ دوم، تراشه‌ای با تراکم...
[ 5 ] - اثر انتخاب واگرا برای وزن بدن بر میزان تولید تخم و سایر صفات تولیدمثلی در بلدرچین ژاپنی
در پژوهش حاضر، تأثیر 9 نسل انتخاب واگرا برای وزن بدن در چهارهفتگی، بر میزان تولید تخم و سایر صفات تولیدمثلی بلدرچین ژاپنی بررسی شد. نتایج این تحقیق نشان داد که انتخاب برای وزن بدن در چهارهفتگی، سن بلوغ جنسی را در لاین‌های انتخاب‌شده برای افزایش (HW) و کاهش وزن بدن (LW) در مقایسه با لاین کنترل به‌طور متوسط به‌ترتیب 7 و 3 روز افزایش داده است (05/0P≥). اگرچه تفاوت بین لاین‌های انتخاب‌شده برای سن ...
[ 6 ] - بررسی رابطه¬ی ژن TLR4 با ورم پستان بالینی در گاو¬های هلشتاین ایران
ژنToll-Like Receptor 4(TLR4) به عنوان یک گیرندهی سطح سلولی که در پاسخهای ایمنی ذاتی موثر است، سبب شناسایی لیپو پلی ساکاریدهای باکتریهای گرم منفی میشود. نشانگرهای ژنتیکی مرتبط با پاسخهای ایمنی در طول بروز ورم پستان میتواند در انتخاب گاوها کمک کند. هدف از مطالعه حاضر تعیین رابطهی ژن TLR4با ورم پستان بالینی بود. 270 فرد بر اساس بالاترین و پایینترین توزیع عوامل باقیمانده ورم پستان بالینی د...
[ 7 ] - توابع ریاضی توصیف کننده ی منحنی تولید تخم مرغ یک لاین مادری تجاری گوشتی
در تحقیق حاضر، تابع مناسب برای توصیف منحنی تولید تخم مرغ خط مادری در یک لاین تجاری گوشتی، با برازش توابع گامای ناقص(وود)، گامای ناقص تصحیح شده، تابع جزء به جزء، تابع جزء به جزء تصحیح شده، تابع رگرسیون چند جمله ای علی و شفر و تابع لجستیک غیرخطی تعیین شد. پارامترهای هر تابع با استفاده از رویه غیر خطی و روش تکرار گوس- نیوتن نرم افزارآماریSAS برآورد شدند. توابع برازش شده بر اساس ضریب تعیین تصحیح شد...
[ 8 ] - اندازه‌گیری عمق چربی زیر پوستی و عضله راسته بوسیله اولتراسوند برای تخمین ترکیبات لاشه در گوسفند مغانی
در این تحقیق برای بررسی امکان تخمین ترکیبات لاشه با استفاده از اولتراسوند از 38 راس بره‌ی نر مغانی استفاده شد. عمق چربی زیر پوستی (USFT)، عمق (ULMD) و مساحت عضله راسته (ULMA) در ناحیه بین دنده 12 و 13 روی حیوان زنده با استفاده از دستگاه اولتراسوند مجهز به پروپ 8 مگا هرتز اندازه‌گیری و سپس بره‌ها کشتار شدند. لاشه‌ها به مدت 24 ساعت در دمای 4 درجه سانتیگراد نگهداری شدند و پس از آن اندازه‌گیری‌های ...
[ 9 ] - بررسی اثر انتخاب انفرادی و خانوادگی بر افزایش وزن بدن و سینه در بلدرچین ژاپنی
این مطالعه به منظور بررسی اثر انتخاب کوتاه مدت بر صفات مرتبط با رشد شامل وزن بدن و وزن سینه در سن 4 هفتگی در بلدرچین ژاپنی انجام شد. برای این منظور یک لاین بر اساس ارزشهای اصلاحی برای وزن بدن (لاین 1) و لاین دیگر بر اساس میانگین رکوردهای خانوادگی برای وزن سینه (لاین 2) به طور تصادفی از یک جمعیت پایه انتخاب شدند. در لاین 1 در هر نسل 39 پرنده نر و 78 پرنده ماده به عنوان جایگزین استفاده شد. تعداد ...
[ 10 ] - بررسی وجود QTLهای مرتبط با صفات وزن بدن تا سن 28 روزگی در نواحی کاندیدا از ژنوم در بلدرچین ژاپنی
وزن بدن از جمله صفات مهم اقتصادی و در عین حال پیچیده در طیور است که انتخاب به کمک نشانگر1(MAS) می تواند در بهبود آن نقش قابل توجهی داشته باشد. هدف از مطالعه حاضر تعیین جایگاههای صفات کمی2(QTL) مرتبط با وزن بدن در سنین مختلف با استفاده از طرح ناتنی می باشد. 220 بلدرچین ژاپنی برای 6 نشانگر ریز ماهواره با قدرت اطلاع دهندگی بالا بر روی کروموزومهای شماره 1، 2 و 9 تعیین ژنوتیپ شده و به روش نقشه یابی...
[ 11 ] - مقایسه بین BayesC و GBLUP در برآورد ارزشهای اصلاحی ژنومی در توزیع‌های متفاوت واریانس ژن‌های عمده اثر
ژنومی حاوی 1000 چند شکلی تک نوکلئوتیدی دو آللی روی یک کروموزوم به طول 100 سانتی مورگان شبیه‌سازی شد و توزیع‌های مختلف واریانس ژن‌های عمده اثر (یکنواخت، نرمال و گاما) و نیز تعداد ژن‌های عمده اثر متنوع (5، 10 و 20) به صورت فرضیات شبیه‌سازی صفات در نظر گرفته شدند و در نتیجه 9 صفت متفاوت ایجاد گردید. مقایسه بین ارزشهای اصلاحی ژنومی برآورد شده به وسیله BayesC و GBLUP نشان داد که ارزشهای اصلاحی ژن...
[ 12 ] - برآورد پارامترهای ژنتیکی رکوردهای روزآزمون تولید شیر در گاوهای هلشتاین ایران
در این پژوهش از اطلاعات مربوط به دوره اول شیردهی گاوهای هلشتاین ایران که از سال 1375 تا 1387 توسط مرکز اصلاح نژاد کشور جمع‌آوری شده بود، استفاده شد. اطلاعات مورد استفاده شامل 872125 رکورد روزآزمون مربوط به 95816 حیوان در 59 گله بود. برآورد مؤلفه‌های (کو) واریانس و پارامترهای ژنتیکی با استفاده از مدل تابعیت تصادفی و روش نمونه‌گیری گیبس انجام شد. برای توصیف منحنی شیردهی حیوانات در سطح ژنتیکی و مح...
[ 13 ] - اثر سخت‌زایی بر تولیدشیر، باروری و برآورد ضرایب اقتصادی جزء مستقیم و مادری سخت‌زایی
به منظور برآورد اثر سخت‌زایی بر تولید شیر، باروری و ضرایب اقتصادی جزء مادری و مستقیم سخت‌زایی، داده‌های اقتصادی و عملکردی 10 گله گاو شیری هلشتاین و رکوردهای تولید شیر و سخت‌زایی جمع‌آوری شده توسط مرکز اصلاح نژاد دام و بهبود تولیدات دامی استفاده گردید. در این مطالعه سخت‌زایی به 3 گروه تقسیم بندی شد. گروه 1: زایش بدون کمک، گروه 2: نیاز به کمک یک گارگر، گروه 3: سخت‌زایی همراه با آسیب جدی به مادر و...
[ 14 ] - تأثیر برازش مدل‌های مختلف حیوانی بر برآورد پارامترهای ژنتیکی وزن جوجه یک روزه
در تحقیق حاضر، اثر عوامل مادری مؤثر بر وزن یک‌روزگی جوجههای دو خط پدری و مادری یک لاین تجاری گوشتی آرین و مرغان بومی مازندران، به همراه تأثیر برازش اثر متقابل پدر- نسل بر برآورد پارامترهای ژنتیکی حاصل از مدل‌های با آثار مادری، مورد بررسی قرار گرفت. داده‌ها با روش حداکثر درستنمایی محدود شده (REML) و مدل‌های حیوان مختلف با استفاده از نرم‌افزارASREML تجزیه و تحلیل شدند. در این مطالعه ده مدل حیوا...
[ 15 ] - بررسی شاخص سلامت پستان و مقایسه استراتژی‌های مختلف انتخاب جهت گنجاندن اطلاعات این صفت در برنامه‌های اصلاحی گاوهای هلشتاین ایران
پارامترهای ژنتیکی و فنوتیپی مربوط به صفات تولیدی، ساختار پستان و تعداد سلول‌های بدنی (somatic cell count) برای گاوهای هلشتاین ایران برآورد گردید. رکوردهای ماهیانه تعداد سلول‌های بدنی (SCC) در ابتدا تبدیل به امتیاز سلول‌های بدنی(SCS) شد و پس از آن سنجه میانگین دوره شیردهی این صفت (LSCS) با تصحیح برای حجم شیر محاسبه گردید. با استفاده از این برآوردها یک شاخص سلامت پستان برای گاوهای هلشتاین ایران پ...
[ 16 ] - برازش مدل‌های غیرخطی برای توصیف امتیاز سلول‌های بدنی شیر دوره‌های مختلف شیردهی گاوهای هلشتاین ایران
هدف از انجام این تحقیق، بررسی قابلیت مدل‌های غیرخطی مختلط برای توصیف منحنی امتیاز سلول‌های بدنی موجود در شیر گاوهای هلشتاین ایران در دوره‌های مختلف شیردهی و مقایسه برازش 4 مدل غیرخطی و دو مدل خطی برای این داده‌ها می‌باشد. بدین منظور از 445077 رکورد امتیاز سلول‌های بدنی روزانه حاصل از 69124 راس گاو هلشتیان در دوره‌های اول تا چهارم شیردهی که بین سال‌های 1382 تا 1386 توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور ...
[ 17 ] - برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات تیپ، تولید شیر و روزهای باز در گاوهای هلشتاین ایران
هدف تحقیق حاضر برآورد پارامترهای ژنتیکی 13 صفت تیپ، تولید شیر و روزهای باز در جمعیت گاوهای هلشتاین ایران بود. 16502 رکورد (صفات تیپ)، 16557 رکورد (تولید شیر) و 11631 رکورد (روزهای باز) مربوط به زایش اول بودند که به ترتیب از 1530، 1566 و 2000 گروه گله- سال- فصل زایش که توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور جمع آوری شده بودند، استفاده گردید. نرم‌افزار SAS و رویه GLM برای برازش مدل‌ها استفاده شد. عوامل ...
[ 18 ] - Growth Hormone Gene Polymorphism in Two Iranian Native Fowls (Short Communication)
Biochemical polymorphism study is a method of determination of genetic variation. This variability could be a basis for selection and subsequent genetic improvement in farm animals. The polymorphism in the intron 1 of chicken growth hormone (cGH) gene was investigated in the Iranian native fowls by using polymerase chain reaction (PCR)-restriction fragment length polymorphism (RFLP) method. The...
[ 19 ] - بررسی استفاده از پارامترهای گازهای خونی به عنوان صفات نشانگر در شاخص انتخاب برای کاهش میزان حساسیّت به آسیت در جوجه های گوشتی
سندرم آسیت یک اختلال متابولیکی در جوجههای گوشتی با رشد سریع است. به دلیل میزان تلفات بالای ناشی از این سندرم، زیان اقتصادی بالایی به صنعت طیور گوشتی وارد میآید. صفات مرتبط به آسیت وراثتپذیری بالایی دارند. بنابراین، عوامل ژنتیکی نقش عمدهای در حساسیت پرندگان به آسیت دارند و با استفاده از انتخاب ژنتیکی میتوان حساسیت به آسیت را کاهش داد. هدف از بررسی حاضر ارزیابی شاخصهای انتخاب مختلف برای افز...
[ 20 ] - مقایسۀ روشهای گوناگون ارزیابی ژنومیک در صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت
هدف از انجام تحقیق حاضر،مقایسۀ روشهای گوناگون آماری در پیش‌بینی ارزشهای اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت از‌نظر توزیع تأثیرات ژنی و نیز تعداد متفاوت جایگاههای صفت کمّی (QTLs) با‌استفاده از شبیه‌سازی کامپیوتری است. بدین منظور، ژنومی حاوی 500 نشانگر تک‌نوکلئوتیدی دوآللی (SNP) روی کروموزومی به طول 100 سانتی‌‌مورگان شبیه‌سازی، و توزیع‌های متفاوت تأثیرات ژنی (یکنواخت، نرمال، و گاما...
[ 21 ] - مقایسه مدل های آماری غیرخطی توصیف کننده منحنی رشد در بزغاله های نژاد مهابادی
هدف از این مطالعه مقایسه نیکویی برازش چهار مدل آماری غیرخطی شامل برودی، گمپرتز، ون برتالانفی و لجستیک برای صفات رشد بزغاله‌های نژاد مهابادی بود. به منظور تجزیه و تحلیل منحنی رشد از مجموع 126 بزغاله، 2036 رکورد هفتگی وزن بدن از زمان تولد تا سن105روزگی استفاده شد. به منظور مقایسه نیکویی برازش مدل‌ها، آماره هایی از قبیل ضریب تبیین (R2)، جذر میانگین مربعات و معیار اطلاع آکایک محاسبه شد. نیکویی برا...
Co-Authors