A. Farhadi
Laboratory for Molecular Genetics and Animal Biotechnology, Faculty of Animal Science and Fisheries, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University, Sari, Iran
[ 1 ] - Association between bovine lactoferrin gene variant and somatic cell count in milk based on EcoRI restriction site
Mastitis is one of the most serious and costly diseases affecting dairy cattle production. In the present study, effects of a lactoferrin gene polymorphism (intron 6) on milk somatic cell count (SCC) and subclinical mastitis was investigated in 121 Holstein dairy cattle. Two alleles of A and B and two genotypes of AA and AB were found in an EcoRI recognized single nucleotide polymorphism in int...
[ 2 ] - Association between growth hormone gene polymorphisms and growth traits in Cyprinus carpio from the Caspian Sea
Growth hormone (GH) is the most important hormone that controls somatic cell growth and the syntheses of protein, fat, and carbohydrates. This study was to identify gene polymorphism of GH-1 using PCR- single strand conformation polymorphism (SSCP) technique and its association with growth traits including condition factor (CF), body weight (BW) and total length (TL) in common carp (Cyprinus ca...
[ 3 ] - شناسایی چند شکلی در ناحیه تنظیمی بالادست ژن های کالپاین و کالپاستاتین و ارتباط آن با برخی صفات اقتصادی در گوسفندان لری بختیاری
سابقه و هدف: هدف از پژوهش حاضر بررسی تنوع آللی در ناحیه تنظیمی بالا دست ژن‌های کالپاین و کالپاستاتین، تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک ژن‌های مورد نظر و ارتباط آماری واریانت‌های آللی با صفات وزن بدن و دنبه در گوسفند لری بختیاری بوده است. مواد و روش ها: تعداد 150 نمونه خون به طور تصادفی تهیه و DNA با روش نمکی بهینه یافته استخراج شد. سپس جفت آغازگرهای اختصاصی با نرم افزارOligo7 به ترتیب برای تکثیر ق...
[ 4 ] - تاثیر وراثت پذیری و تعداد جایگاه صفات کمی بر میزان صحت برآورد ارزش اصلاحی ژنومی
در مقایسه با روش های اصلاح سنتی، استفاده از اطلاعات ژنومی باعث افزایش قابل ملاحظه ای در پاسخ به انتخاب برای حیوانات جوان فاقد رکورد فنوتیپی می شود. انتخاب ژنومیک بر انتخاب بر پایه ارزش اصلاحی برآورد شده ژنومی استوار است. هدف پژوهش حاضر بررسی تاثیر وراثت پذیری صفت و تعداد جایگاه صفات کمی بر صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی بوده است. به این منظور طراحی ژنوم و جمعیت مورد نیاز از طریق شبیه سازی رای...
[ 5 ] - شناسایی و آنالیز حذف و درج‌ها در ژنوم شترهای تک‌کوهانه ایرانی با استفاده از داده‌های توالی‌یابی کل ژنوم
این مطالعه به منظور شناسایی حذف و درج‌های (ایندل‌ها) موجود در ژنوم شتر تک‌کوهانه ایرانی و ارزیابی گروه‌های عملکردی مرتبط با آنها، با استفاده از داده‌های توالی‌یابی شده ژنوم کامل دو نفر شتر تک‌کوهانه ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. در این تحقیق، برای افزایش دقت و صحت ایندل‌های شناسایی شده، از دو برنامه قدرتمند شناسایی واریانت (GATK و SAMtools) استفاده گردید. در نهایت، تنوع‌های شناسایی ش...
[ 6 ] - جدا سازی ژن GH-1 از GH-2 در ماهی سفید به وسیله توالی یابی و استفاده از آنزیمهای برشی
در ژنوم ماهیان در اثر فرآیند مضاعف شدن در طول تکامل، دو کپی از هورمون رشد (GH-1 و GH-2) وجود دارند. هدف از پژوهش حاضر جداسازی ژن GH-1 ز GH-2 در ماهی سفید دریای خزر با استفاده از تکنیک توالی یابی و معرفی آنزیم های برشی اختصاصی برای این دو جایگاه میباشد. به این منظور، 5 قطعه ماهی سفید به طور تصادفی انتخاب و نمونههای مورد نیاز برای استخراج DNA از باله دمی جداسازی شدند. پس از استخراج DNA به روش...
[ 7 ] - شناسایی تنوع تعداد کپی و تأثیرات آنها بر ژن‌های شترهای تک‌کوهانه ایرانی با استفاده از داده‌های توالی‌یابی کامل ژنوم
مطالعه حاضر به‌منظور شناسایی تنوع تعداد کپی و بررسی اثرات آنها بر ژن‌های شترهای تک‌کوهانه با استفاده از داده‌های توالی‌یابی کامل ژنومی دو نفر شتر ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. توالی‌یابی کامل ژنوم نمونههای یزدی و طرودی، به ترتیب حدود 456 و 8/418 میلیون خوانش با اندازه 100 جفت‌بازی تولید کرد. پس از هم‌ردیفی خوانش‌های پالایش شده در ژنوم مرجع (شماره دسترسی در NCBI: GCA_000767585.1)، از ...
[ 8 ] - Detection of Lack of Function Mutation of P.R12X in SLC37A2 Locus in Montbeliarde and Holstein Cattle
The aim of this study was to identify the lack of function mutation of p.R12X affecting reproductive problems and abortion in SLC37A2 gene by PCR-SSCP and sequencing methods in Holstein and Montbeliarde cows, For this purpose, 250 blood samples (150 Holstein and 100 samples of Montbeliarde) were prepared and DNA was extracted by kit. A pair of specific primers was designed with Oligo7 software ...
[ 9 ] - Regulatory effects of cis- and trans-LncRNAs on differential expression of genes following infection with viral hemorrhagic septicemia virus in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
In this study the cis and trans regulatory effect of long non-coding genes (lncRNA) on the expression of genes in fish infected by Viral hemorrhagic septicemia virus (VHS) was investigated using RNA-seq technology. At the end of experimental period (the thirty fifth day), total RNA was extracted from spleen tissue (group treated with virus) and physiological serum (control group) was used to pr...
Co-Authors