Investigating the Function of Predicted Proteins from RNA-Seq Data in Holstein and Cholistani Cattle Breeds

Authors

  • Bonabazi, Mohammad Hossein Department of Biotechnology, Animal Science Research Institute of IRAN (ASRI), Agricultural Research, Education & Extension Organization (AREEO), Karaj, IRAN
  • Salimpour, Mina Department of Animal Science, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Guilan, Rasht, IRAN
  • torabi, azadeh Department of Agriculture, Payame Noor University, Tehran, Iran
Abstract:

This study was performed to determine the digital expression profile of different genes expressed in Holstein and Cholistani breeds as well as to evaluate the performance of predicted proteins derived from differentially expressed genes between these two breeds using RNA-Seq data. For this purpose, the whole mRNA sequence for a blood sample of American Holstein and Pakistani Cholistani cattle populations was obtained and by sequencing and locating RNA-Seq reads on the bovine reference genome and determining the digital expression profile, the differentially expressed genes were obtained. The results of this study showed that there were 24616 genes and 26716 isoforms on the transcriptome of these two breeds, out of which, 41 genes were identified with substantial and significant differential expression (P <0.000015). It was also found that approximately one-third of genes whose functions is altered accros two breeds, encode hydrolase enzymes, five of the predicted proteins, FOS Fos proto-oncogene proteins, AP-1 transcription factor subunit, the vhl-elonginc-elonginb structure, transcription factor FosB/ JunD bZIP domain, T yeast U2AF complex pseudomonas aeruginosa transcriptional regulator PA2196 and zif268 zinc finger-dna complex that are involved in transcriptional regulation and RNA editing. Investigation of network interactions between predicted proteins from differentially expressed genes showed that predicted proteins are involved in different pathways such as TNF signaling pathway, Salmonella infection, MAPK signaling pathway and rheumatoid arthritis. Overall, these two breeds were found to be well-adapted to environmental conditions due to different environmental conditions and evolutionary distance and this coordination at the molecular level of the expression of specific genes was found in this study. One of the reasons supporting this is the greater role of the immune system in the Cholistani breed due to its higher exposition to contamination than the Holstein breed that led the expression of bactericidal proteins (Cathelicidin 1) was up regulaged, as a result, the activity of the immune system might be improved. The study also found that the IL1B gene had the highest degree of gene-drug interaction with Canakinumab drug.The results of this study indicate that in breed comparisons, a close look at the activity of proteins produced by different genes could better explain breed differences at the molecular level.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

the role of russia in transmission of energy from central asia and caucuses to european union

پس ازفروپاشی شوروی،رشد منابع نفت و گاز، آسیای میانه و قفقاز را در یک بازی ژئوپلتیکی انرژی قرار داده است. با در نظر گرفتن این منابع هیدروکربنی، این منطقه به یک میدانجنگ و رقابت تجاری برای بازی های ژئوپلتیکی قدرت های بزرگ جهانی تبدیل شده است. روسیه منطقه را به عنوان حیات خلوت خود تلقی نموده و علاقمند به حفظ حضورش می باشد تا همانند گذشته گاز طبیعی را به وسیله خط لوله مرکزی دریافت و به عنوان یک واس...

15 صفحه اول

the effect of oxytetracycline on serum calcium, phosphorus and magnesium in cattle

نتایج این مطالعه نشان می دهد که مقدار کلسیم (یونیزه و تام)، منیزیم و فسفر به طور معنی داری تغییر پیدا کرد به جزء مقدار کلسیم تام و منیزیم در روش داخل عضلانی که تغییر معنی داری نداشته است. بر اساس نتایج این مطالعه می توان نتیجه گیری کرد که اکسی تتراساکلین بر روی مقادیر سرمی کلسیم و منیزیم تأثیر می گذارد باید مقدار این کاتیون ها در بیماران، در هنگامی که اکسی تتراسایکلین استفاده می شود مورد توجه ق...

15 صفحه اول

the clustering and classification data mining techniques in insurance fraud detection:the case of iranian car insurance

با توجه به گسترش روز افزون تقلب در حوزه بیمه به خصوص در بخش بیمه اتومبیل و تبعات منفی آن برای شرکت های بیمه، به کارگیری روش های مناسب و کارآمد به منظور شناسایی و کشف تقلب در این حوزه امری ضروری است. درک الگوی موجود در داده های مربوط به مطالبات گزارش شده گذشته می تواند در کشف واقعی یا غیرواقعی بودن ادعای خسارت، مفید باشد. یکی از متداول ترین و پرکاربردترین راه های کشف الگوی داده ها استفاده از ر...

data mining rules and classification methods in insurance: the case of collision insurance

assigning premium to the insurance contract in iran mostly has based on some old rules have been authorized by government, in such a situation predicting premium by analyzing database and it’s characteristics will be definitely such a big mistake. therefore the most beneficial information one can gathered from these data is the amount of loss happens during one contract to predicting insurance ...

15 صفحه اول

this study investigated the relationship between quality of work life and organization citizenship behavior from the viewpoint of teachers in high schools in tehran city.

چکیده هدف از پژوهش حاضر بررسی رابطه کیفیت زندگی کاری و رفتار شهروندی سازمانی در مدارس مقطع متوسطه پسرانه شهر تهران از دیدگاه دبیران بود. روش پژوهش حاضر توصیفی و از نوع همبستگی بود. از بین دبیران مدارس شهر تهران تعداد 380 نفر به روش نمونه گیری خوشه ای چند مرحله ای به عنوان نمونه پژوهش انتخاب شدند و با تکمیل پرسشنامه ی کیفیت زندگی کاری والتون(1975) و پرسشنامه ی رفتار شهروندی سازمانی پودساکو...

15 صفحه اول

investigating the interaction of language knowledge and strategic competence in the performance of efl learners on reading-to-write and writing-only test tasks

این مطالعه به دو روش کمی و کیفی و با هدف بررسی استراتژی های فراشناختی فراگیران زبان انگلیسی به عنوان زبان خارجی در دو آزمون نوشتن و نوشتن ترکیبی انجام پذیرفت. در بخش کمی برای سنجش میزان استراتژی های فراشناختی از یک پرسشنامه که بر اساس مدل بکمن و پالمر (1996) ساخته شده بود استفاده شد. پایایی و روایی سازه ی پرسشنامه هنگام مطالعه ی پایلوت و روایی محتوای آن با جمع آوری نظرات نُه متخصص در رشته سنجیده...

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 11  issue تابستان

pages  121- 135

publication date 2020-06

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

No Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023