کاربرد دینامیک مولکولی در طراحی پیشرفته فرآورده‌های بیولوژیک و مطالعه پروتئین اجرام عفونی
Authors
Abstract:
شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (MD) دانشی است که از ترکیب علوم زیستی، شیمی و روش‌ها و الگوریتم‌های متنوع رایانه‌ای-ریاضیاتی استفاده می‌کند. این تکنیک جهت طراحی پیشرفته دارو، واکسن، آنتی‌بادی، پروتئین یا پپتید و سایر ماکرو و میکرو مولکول‌های اجرام عفونی یا غیر عفونی و مواد بکار برده می‌شود. شکوفایی و تحول روزافزون این زمینه از علم بیوانفورماتیک در طراحی و ساخت فوق پیشرفته فرآورده‌های بیولوژیک و دارویی، به شبیه‌سازی برون‌تنی پدیده‌های زیستی مشابه با شرایط درون‌تنی کمک شایانی نموده است. آشنایی هر چه بیشتر با این علم از نقطه نظر کاربردی و تولیدی برای محققین شاغل در دانشگاه‌ها و پژوهشگاه‌های علوم پزشکی و دامپزشکی می‌تواند سبب آشنایی هر چه بیشتر آنها با این حوزه مترقی از علم شده و در بهبود پژوهش‌ها و تولیدات مفید باشد. از سوی دیگر، به کارگیری این علم می‌تواند به صورت قابل ملاحظه‌ای موجب صرفه‌جویی در هزینه‌ها و زمان شود. در این مقاله در درجه نخست به معرفی و تقسیم‌بندی دینامیک مولکولی از دید کلی پرداخته شده است و سپس مطالب پایه‌ای و مزایای دینامیک مولکولی، روش‌ها و برنامه‌های مورد استفاده در آن مورد بررسی قرار گرفته است. در پایان به کاربرد این روش نوین در تحقیقات ایمونوانفورماتیک (طراحی واکسن، کیت، آنتی‌بادی، ادجوانت و غیره) و کموانفورماتیک (طراحی دارو) و همچنین بررسی اجرام عفونی پرداخته شده است.
similar resources
شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین همولیزین باسیلوس پامیلوس و داکینگ آن با کلسترول و پیشگویی تغییرات کنفورماسیونی این پروتئین در طراحی دارو با کمک بیوانفورماتیک
همولیزین یک پروتئین خارج سلولی است که توسط بسیاری از باکتری‌های بیماری‌زا و غیر بیماری‌زا ترشح می‌شود. سطح فعالیت آنها غشای‌پلاسمایی گلبول‌های قرمز خون می‌باشد. همولیزین جزء سموم وابسته به کلسترول می‌باشد یعنی کلسترول را به عنوان گیرنده بر روی سطح سلولهای خونی شناسایی کرده و از طریق آن به سلول هدف متصل می‌شود. در این تحقیق ما بر روی همولیزین گونه‌ایی از باسیلوس به نام باسیلوس پامیلوس SAFR0032 ...
full textمطالعه خواص مکانیکی پروتئین اکتین تحت بارگذاری کششی با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی
اکتین فراوان ترین پروتئین درون یاخته ای و یکی از سه جز اصلی چارچوب یاخته است که در مقابل بارهای کششی از یاخته محافظت می کند. بدین منظور، با توجه به دقت و اعتبار روش های مبتنی بر رفتار اتمی مانند دینامیک مولکولی، در این مقاله با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی به بررسی رفتار مکانیکی پروتئین اکتین پرداخته شده است. اکتین در داخل یاخته به دو صورت تکپار atp و adp وجود دارد. در همین راستا در این...
full textشبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین همولیزین باسیلوس پامیلوس و داکینگ آن با کلسترول و پیشگویی تغییرات کنفورماسیونی این پروتئین در طراحی دارو با کمک بیوانفورماتیک
همولیزین یک پروتئین خارج سلولی است که توسط بسیاری از باکتری های بیماری زا و غیر بیماری زا ترشح می شود. سطح فعالیت آنها غشای پلاسمایی گلبول های قرمز خون می باشد. همولیزین جزء سموم وابسته به کلسترول می باشد یعنی کلسترول را به عنوان گیرنده بر روی سطح سلول های خونی شناسایی کرده و از طریق آن به سلول هدف متصل می شود. در این تحقیق ما بر روی همولیزین گونه ایی از باسیلوس به نام باسیلوس پامیلوس safr0032 ...
full textمطالعه بیوانفورماتیکی چندجانبه مولکولی و ساختاری پروتئین غشای خارجی (OmpTS) باکتری آئروموناس هیدروفیلاعامل بیماری سپتی سمی عفونی در ماهی در جهت اهداف ایمن سازی
باکتری آئروموناس هیدروفیلا یک باکتری گرم منفی و متحرک است که به‌عنوان یک پاتوژن فرصت‌طلب و زئونوز در ماهیان گرمابی مطرح است. وقوع میزان بالای مرگ و میر در ماهیان، خسارات اقتصادی و مقاومت باکتریایی از عوامل اصلی پیدایش روش های جدید مانند واکسیناسیون علیه آئروموناس هیدروفیلا محسوب می ش...
full textمدلسازی به روش هومولوژی و شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین Rab23 انسانی به هدف انجام مطالعات Docking با لیگاند کلسترول
Rab23 یکی از پروتئینهای خانواده Rab می باشد که مسوول تنظیم ادغام و اتصال غشاء ویزیکولها با اندامکهای سلولهای یوکاریوتی می باشد. این پروتئین یک تنظیم کننده منفی خودکار سلولی برای علامت دهی(Signaling) hedgehog در مهره داران است. مسیر علامت دهی hedgehog در رشد اکثر ارگانها و بافتهای مهره داران نقش محوری داشته و ارتباط آن با نقایص مادرزادی و بسیاری از انواع تومورها مشخص شده است. بنابراین دخا...
full textMy Resources
Journal title
volume 31 issue 2
pages 2- 16
publication date 2018-06-22
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023