مقایسۀ نواحی ژنی ITS-rDNA و tef1α در بررسی ارتباط تبارزایی بعضی گونه‏های Trichoderma

جنس Trichoderma قارچی تک‏نیائی است که بعضی از گونه‏های آن به‌عنوان عامل کنترل زیستی (بیوکنترل) شناخته می‏شوند. در این بررسی، یازده جدایه از هفت گونۀ‏ Trichoderma شامل Trichoderma harzianum، T. capillare، T. pleuroticola، T. asperellum، T. koningiopsis،T. brevicompactum و T. virens برای بررسی ارتباط تبارزایی (فیلوژنتیکی) آن‏ها با یکدیگر و با توالی گونه‌های مرجع ثبت‌شده در بانک ژن و ISTH استفاده شد. تودۀ میسیلیومی رشدکرده در محیط PDB با استفاده از کاغذ صافی گرد‏آوری و پس از خشک- ‏انجماد کردن، DNA ژنگانی (ژنومی) آن استخراج شد. نواحی ITS-rDNA و اینترون 2، 3 و 4 از tef1α با استفاده از آغازگرهای عمومی و اختصاصی افزایش و توالی‏یابی شدند. بررسی تبارزایی با الگوریتم درست‏نمایی بیشینه و انتخاب مناسب‏ترین مدل جانشینی نوکلئوتیدی با استفاده از نرم‏افزار MEGA 6 انجام شد. همۀ درختان تبارزایی حاصل، کلاد‏های معتبری برای بیشتر جدایه‏ها تولید کردند که ارتباط به نسبت یکسانی را از آن‏ها نشان ‏داد. در همۀ درختان تبارزایی به‌جز درخت مبتنی بر داده‌های حاصل از توالی‌یابی ناحیة ITS، جدایه‏هایT. koningiopsis  و T. asperellum یک کلاد قاعده‏ای معتبر ایجاد کردند. نتیجۀ بررسی تبارزایی که بر پایۀ توالی نواحی مختلف tef1α، اینترون 2 و3، اینترون 4 و هر سه اینترون، برای گونه‏های T. brevicompactum، T.virens، T.koningiopsis  و T.pleuroticola به دست آمد کلاد‏های معتبرتری نسبت به درخت حاصل از تجزیۀ توالی‌های‏ ITS نشان داند. تجزیه و تحلیل درست‌نمایی بیشینه که بر پایۀ توالی اینترون 4 از tef1α انجام شد، کلادهای معتبری برای بیشتر جدایه‏های Trichoderma ازجمله T. asperellum ایجاد کرد. این نتایج تأیید می‏کند که تبارزایی مبتنی بر اینترون 4 از tef1α گروه‏بندی تبارزایی مناسبی برای گونه‏های تریکودرما فراهم می‏کند.