مطالعه in silico خانواده ژنی شبه استریکتوسیدین سینتاز (SSL) در برنج (Oryza sativa)

Authors

  • امین عابدی دانشجوی دکترای بیوتکنولوژی کشاورزی-گیاهی، دانشکده علوم کشاورزی دانشگاه گیلان، رشت، ایران
  • محمد مهدی سوهانی دانشیار گروه بیوتکنولوژی کشاورزی دانشکده علوم کشاورزی دانشگاه گیلان، رشت، ایران
Abstract:

استریکتوسیدین سینتاز آنزیم کلیدی مسیر بیوسنتزی ایندول آلکالوئیدهای مونوترپنوئیدی است. پروتئین‌های داری دمین Str_synth در گیاهان، باکتر‌ی‌ها، حشرات و پستانداران شناسایی شده‌اند و به علت نامشخص بودن نقش کارکردی آن‌ها شبه استریکتوسیدین سینتاز نامیده می‌شوند. با تکمیل پروژه توالی یابی ژنوم آرابیدوپسیس و برنج، ژن‌های شبه استریکتوسیدین سینتاز در این گیاهان نیز شناسایی شد. با این حال اطلاعات کافی در مورد ساختار ژن، تاریخچه تکاملی، نحوه گسترش و نقش کارکردی خانواده ژنی SSL برنج وجود ندارد. در این مطالعه بر اساس آنالیزهای بیوانفورماتیکی 23 ژن SSL در ژنوم برنج شناسایی شد. آنالیز فیلوژنتیکی پروتئین‌های SSL برنج و آرابیدوپسیس مشخص کرد که این ژن‌ها در چهار گروه قرار می‌گیرند و مسیر تکاملی این خانواده در برنج و آرابیدوپسیس متفاوت است. ژن‌های OsSSL دارای صفر تا پنج اینترون بوده و در 10 کروموزوم از 12 کروموزوم برنج با تراکم متفاوت قرار داشته و مضاعف‌شدگی پشت سر هم عامل اصلی گسترش این خانواده ژنی است. آنالیز پیشبر نشان داد که چندین عنصر تنظیمی cis پاسخ به تنش‌ها و هورمون‌ها در ناحیه تنظیمی وجود دارد که نشان دهنده نقش این ژن‌ها در پاسخ به تنش‌ها می-باشد. آنالیز بیان ژن‌های OsSSL بر اساس داده‌های ریزآرایه نشان داد که تعداد اندکی از این ژن‌ها در بافت‌ها و نیز تنش‌های غیر زیستی بیان بالایی دارند. این مطالعه اولین گزارش در مورد خانواده ژنی SSL در برنج بوده و می‌تواند یک چهارچوب برای بررسی کارکردهای بیولوژیکی ژن‌های SSL در برنج و گیاهان دیگر فراهم می‌کند.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

فرابیان ژن شبه استریکتوسیدین سینتاز-6 در گیاه Arabidopsis thliana

استریکتوسیدین سینتاز یک آنزیم کلیدی مسییر بیوسنتز ایندول الکالوئیدهای مونوترپنی می‌باشد. آرابیدوپسیس قادر به تولید ترکیبات آلکالوئیدی نیست اما، ژن‌هایی مشابه استریکتوسیدین سینتاز در آن شناسایی شده است. ژن SSL6 از اعضاء خانواده ژنی شبه استریکتوسیدین سینتاز آرابیدوپسیس می‌باشد که در این تحقیق پاسخ ژن آن به تیمار شوری بصورت کمی بررسی و سپس در گیاه آرابیدوپسیس فرابیان شد. بمنظور تولید موتانت فرابیا...

full text

فرابیان ژن شبه استریکتوسیدین سینتاز-6 در گیاه Arabidopsis thliana

استریکتوسیدین سینتاز یک آنزیم کلیدی مسییر بیوسنتز ایندول الکالوئیدهای مونوترپنی می‌باشد. آرابیدوپسیس قادر به تولید ترکیبات آلکالوئیدی نیست اما، ژن‌هایی مشابه استریکتوسیدین سینتاز در آن شناسایی شده است. ژن SSL6 از اعضاء خانواده ژنی شبه استریکتوسیدین سینتاز آرابیدوپسیس می‌باشد که در این تحقیق پاسخ ژن آن به تیمار شوری بصورت کمی بررسی و سپس در گیاه آرابیدوپسیس فرابیان شد. بمنظور تولید موتانت فرابیا...

full text

مطالعه in silico خانواده ژنی پلی‌آمین اکسیداز (PAO) در انگور

پلی­ آمین اکسیدازها (PAO) آنزیم­های وابسته به فلاوین آدنین دی­نوکلئوتید هستند که در کاتابولیسم پلی­آمین­ها در پراکسی­ زوم، آپوپلاست و سیتوپلاسم نقش دارند. گزارش­های زیادی در زمینه اهمیت ژن­های PAO گیاهان در پاسخ به تنش­ها ارائه شده است با این حال مطالعه جامعی در مورد تعداد، روابط تکاملی، ساختار ژنی و الگوی بیانی ژن­های PAO در انگور موجود نیست. در مطالعه حاضر با استفاده از روش­های بیوانفورماتیکی...

full text

فرابیان ژن شبه استریکتوسیدین سینتاز-۶ در گیاه arabidopsis thliana

استریکتوسیدین سینتاز یک آنزیم کلیدی مسییر بیوسنتز ایندول الکالوئیدهای مونوترپنی می باشد. آرابیدوپسیس قادر به تولید ترکیبات آلکالوئیدی نیست اما، ژن هایی مشابه استریکتوسیدین سینتاز در آن شناسایی شده است. ژن ssl6 از اعضاء خانواده ژنی شبه استریکتوسیدین سینتاز آرابیدوپسیس می باشد که در این تحقیق پاسخ ژن آن به تیمار شوری بصورت کمی بررسی و سپس در گیاه آرابیدوپسیس فرابیان شد. بمنظور تولید موتانت فرابیا...

full text

بررسی نقش کارکردی ژن شبه استریکتوسیدین سینتاز- 6 در گیاه آرابیدوپسیس تالیانا در شرایط تنش شوری

A gene family called Strictosidine synthase like (SSL) exists in Arabidopsis thaliana genome.  Orthologs gene in Catharanthus roseus is involved in monoterpenoid indole alkaloids biosynthesis. A member of gene family (SSL6) has been induced by various biotic and abiotic stresses. To further analyse of the functional role of the gene in response to salt stress, the SSL6 T-DNA insertion...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 6  issue 16

pages  13- 29

publication date 2017-03-10

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023