طراحی و بهینه‌سازی تست PCR برای تشخیص سریع پاتوتایپ‌های انترواگریگیتیو و انتروتوکسی‌ژنیک اشرشیاکلی

زمینه و هدف: اشرشیاکلی به‌عنوان یکی از مهم‌ترین عوامل ایجادکننده بیماری اسهالی حاد در دنیا مطرح است. بیماری‌های اسهالی یکی از علل اصلی مرگ و میر در میان کودکان کشورهای درحال توسعه می‌باشند. این مطالعه با هدف توسعه تکنیک PCR برای تشخیص اختصاصی ژن‌های ویرولانس پاتوتایپ‌های انترتوکسی‌ژنیک اشرشیاکلی (ETEC) و انترواگریگیتیو و اشرشیاکلی (EAEC) انجام شد. روش بررسی: در این مطالعه برای تشخیص پاتوتایپ‌ها ETEC-EAEC، از ژن‌های اختصاصی st و lt (برای تشخیص پاتوتایپ ETEC) و از ژن اختصاصی aafII (برای شناسایی پاتوتایپ EAEC) استفاده شد. این تکنیک PCR برای این سه ژن طراحی و بهینه گردید. محصولات واکنش برای هریک از این ژن‌ها، در وکتور pTZ57R/T به‌عنوان کنترل مثبت، کلون و مورد استفاده قرار گرفت. میزان حساسیت پرایمر‌ها با محاسبه کمترین میزان تشخیص (Limit of Detection) و استفاده از ژنوم سایر باکتری‌ها به‌عنوان بررسی اختصاصیت پرایمر‌ها ارزیابی شد. یافته‌ها: با توجه به نتایج آنالیز محصولات PCR بر روی ژل الکتروفورز باند‌های مورد نظر برای ژن aafII، lt و st به ترتیب 384 ، 459 و 150 جفت باز به دست آمد. همچنین واکنش ژنوم باکتری‌های کنترل با پرایمر‌های طراحی‌شده، منفی بود. حد تشخیص براساس تعداد کپی برای ژن‌های st، lt و aafII به ترتیب برابر 390 ، 1500 و 2500 کپی به دست آمد. نتیجه‌گیری: با توجه به نتایج این مطالعه، طراحی این گونه تست‌ها در ایران به‌عنوان یک پیشرفت در زمینه بهبود تشخیص سریع و دقیق پاتوژن‌ها و تفکیک در نوع پاتوتایپ‌های اشرشیاکلی می‌باشد.