شناسایی و تحلیل بیوانفورماتیکی ژن‌های ضد میکروبی دیفنسین از شش ژنوتیپ گیاه عدس

Authors

  • رضا میر دریکوند استادیار، گروه زراعت و اصلاح‌نباتات، واحد خرم‌آباد، دانشگاه آزاد اسلامی، خرم‌آباد، ایران،
  • سید محسن سهرابی محقق، باشگاه پژوهشگران جوان و نخبگان، واحد خرم‌آباد، دانشگاه آزاد اسلامی، خرم‌آباد، ایران
  • کامران سمیعی استادیار، گروه کشاورزی، واحد کنگاور، دانشگاه آزاد اسلامی ، کنگاور، ایران
Abstract:

دیفنسین‌های گیاهی، خانواده‌ای بزرگ از پپتیدهای ضد میکروبی غنی از سیستئین هستند. این پپتیدها، مولکول‌هایی با جرم مولکولی 5 تا 7 کیلودالتون و دارای هشت اسید آمینه سیستئین محافظت شده هستند که در ایجاد پیوندهای دی‌سولفیدی نقش دارند. در این پژوهش برخی اعضاء خانواده ژنی دیفنسین در ژنوتیپ‌های مختلف گیاه عدس جداسازی و بررسی شدند. ابتدا، تمام توالی‌های کد کننده‌ی ژن‌های دیفنسین گیاهان دو لپه‌ای از بانک ژن دریافت شد. توالی‌های کد کننده‌ی دریافت شده، در کتابخانه EST گیاه عدس همردیف و نتایج حاصل با هم مخلوط و سر هم‌بندی شدند. کانتیگ‌ها و سینگلتون‌های حاصل از سرهم‌بندی با استفاده از ابزار BLASTn، علیه پایگاه داده nr همردیف شدند. از کانتیگ‌ها و سینگلتون‌های دارای چارچوب خوانش باز کامل دیفنسین برای طراحی آغازگرها استفاده شد. در مرحله‌ی بعدی، از ژنوتیپ‌های گچساران، محلی، Filip2003-2L، Filip2003-9L، Filip2005-2L و Filip2006-10L گیاه عدس استخراج DNA صورت گرفت. در نهایت، توالی ژنومی دیفنسین‌ها با استفاده از واکنش PCR تکثیر شد و پس از همسانه‌سازی در ناقل pTZ57R/T مورد توالی‌یابی قرار گرفت. نتایج، شباهت کامل را در دیفنسین‌های جداسازی شده از ژنوتیپ‌های مورد بررسی نشان داد. ژن‌های شناسایی شده همچنین دارای اینترون‌هایی با طول متغیر بودند که ساختاری محافظت شده داشتند و حاوی عناصر تنظیمی برای پاسخ به عوامل و شرایط مختلف بودند. در این پژوهش برای اولین بار، توالی ژنومی سه ژن از ژن‌های خانواده دیفنسین از ژنوتیپ‌های مختلف گیاه عدس جداسازی و ساختار و ویژگی‌های آن‌ها مشخص شد.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

بهینه سازی بیان، تخلیص و بررسی خاصیت ضد میکروبی پروتئین نوترکیب بتا دیفنسین 2 نوتروفیل‎های گاو

زمینه و هدف: دیفنسین‎ها یکی از بزرگ‎ترین خانواده‎ی پپتید‎های ضد میکروب می‎باشند که به واسطه‎ی فعالیت بر علیه باکتری‎ها، قارچ‎ها و بسیاری از ویروس‎ها به عنوان آنتی‎بیوتیک‎های نسل جدید منفعت بسیاری دارند. هدف از این مطالعه بهینه سازی بیان، تخلیص و بررسی خاصیت ضد میکروبی پروتئین بتا دیفنسین 2 نوتروفیل‎های گاو (BNBD2) بوده است. روش بررسی: در این مطالعه‎ی تجربی-آزمایشگاهی باکتری اشرشیاکلی B‏L21(DE3...

full text

بررسی اثرات ضد میکروبی اسانس گیاه سرخارگل (.Echinacea purpurea L) و شناسایی ترکیب‌های شیمیایی آن

زمینه: گیاه سرخارگل، گیاهی علفی می‌باشد که به‌عنوان قابض، ضدعفونی کننده، ضدمیکروب و ضدمسمومیت به‌کار می‌رود. هدف اصلی پژوهش کنونی بررسی خاصیت ضدمیکروبی اسانس حاصل از اندام هوایی این گیاه بر تعدادی از میکروارگانیسم‌ها شامل باکتری‎های گرم مثبت و منفی، قارچ‌های رشته‌ای و مخمر می‌باشد. مواد و روش‌ها: در این بررسی تجربی آزمایشگاهی نمونه گیاهی برای تهیه اسانس در مرحله گل دهی کامل جمع‌آوری گردید. استخ...

full text

سنجش ‏فعالیت ‏ضد ‏میکروبی ‏باکتری‏ های ‏جداسازی ‏شده ‏از ‏دریای ‏خزر ‏و ‏شناسایی ‏مولکولی ‏سویه ‏های ‏دارای ‏اثر ‏ضد ‏میکروبی

مقدمه: ‏دسترسی ‏آسان ‏و ‏استفاده ‏گسترده ‏از ‏ترکیبات ‏ضد ‏میکروبی، ‏به ‏پیدایش ‏مقاومت ‏در ‏میان ‏میکروارگانیسم‏ها ‏منجر ‏شده ‏است. ‏بنابراین، ‏غربال‏گری ‏و ‏شناسایی ‏ترکیبات ‏ضد ‏میکروبی ‏با ‏اثر ‏بخشی ‏بالا ‏از ‏میکروارگانیسم‏های ‏ساکن ‏در ‏محیط‏های ‏مختلف ‏امری ‏ضروری ‏است. ‏استفاده ‏از ‏میکروارگانیسم‏ها ‏برای ‏اهداف ‏زیست ‏شناختی، ‏آن‏ها ‏را ‏به ‏عنوان ‏یک ‏ابزار ‏مؤثر ‏برای ‏کنترل ‏پاتوژن...

full text

بهینه سازی بیان، تخلیص و بررسی خاصیت ضد میکروبی پروتئین نوترکیب بتا دیفنسین ۲ نوتروفیل‎های گاو

زمینه و هدف: دیفنسین‎ها یکی از بزرگ‎ترین خانواده‎ی پپتید‎های ضد میکروب می‎باشند که به واسطه‎ی فعالیت بر علیه باکتری‎ها، قارچ‎ها و بسیاری از ویروس‎ها به عنوان آنتی‎بیوتیک‎های نسل جدید منفعت بسیاری دارند. هدف از این مطالعه بهینه سازی بیان، تخلیص و بررسی خاصیت ضد میکروبی پروتئین بتا دیفنسین 2 نوتروفیل‎های گاو (bnbd2) بوده است. روش بررسی: در این مطالعه‎ی تجربی-آزمایشگاهی باکتری اشرشیاکلی b‏l21(de3)...

full text

شناسایی ترکیب‌های شیمیایی و بررسی اثر ضد باکتریایی اسانس گیاه نعناع فلفلی بر تعدادی از سویه‌های میکروبی

مقدمه و هدف: نعناع فلفلی، گیاهی علفی، چند ساله و متعلق به خانواده نعناعیان می‌باشد. این گیاه از جمله گیاهان دارویی ارزشمند است که طبق تحقیقات اخیر اثرات مصرف آن در پیشگیری و معالجه سندرم روده تحریک‌پذیربه اثبات رسیده است. گیاه مذکور دارای اثرات ضد التهاب، ضد درد، قاعده‌آور، تب‌بر و ضدعفونی کننده نیز می‌باشد. هدف از این مطالعه بررسی اثر ضد باکتریایی اسانس گیاه دارویی نعناع فلفلی با تعیین قبلی با...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 8  issue 21

pages  59- 70

publication date 2018-06-21

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023