تعیین ساختار سوم پروتئین HMGB4 انسانی با استفاده از دو روش مبتنی بر هومولوژی مدلینگ

پروتئین HMGB4 که در سال 2008 شناخته شد از اعضای خانواده پروتئینهای غیرهیستونی HMGB پستانداران است. پروتئینهای HMGB از طریق دو موتیف که به‌ترتیب HMG-box A وHMG-box B نامیده می‌شوند به DNA اتصال می‌یابند. پروتئینهای HMGB به DNA تغییر یافته با سیس‌پلاتین اتصال یافته و مانع دسترسی عوامل ترمیم برشی DNA به این نقاط می‌شوند. HMGB4 در مقایسه با HMGB1 عضو دیگر این خانواده با میل ترکیبی بالاتری به این نوع DNA اتصال یافته و با قدرت بیشتری ترمیم این نقاط آسیب‌دیده را مهار می‌نماید. به‌نظر می‌رسد که حساسیت بسیار بالای تومورهای سلولهای زایای بیضه نسبت به سیس‌پلاتین ناشی از بیان بسیار بالای HMGB4 در بافت بیضه باشد. در این مطالعه ساختار سوم HMGB4 انسانی با استفاده از نرم‌افزار مدلر و سرور I-TASSER که هردو بر پایه هومولوژی مدلینگ عمل می‌نمایند تعیین گردید. نتایج نشان می‌دهد که مدلهای ایجاد شده توسط هردو روش از کیفیت و پایداری مناسبی برخوردار هستند. هرچند مدل I-TASSER در مقایسه با مدلر تفاوت مشاهده شده در ویژگیهای اتصال HMGB1 و HMGB4 به DNA پلاتینه را بهتر توجیه می‌نماید. بر اساس نتایج حاصل، والین17 و فنیل‌آلانین38 از HMG-box A و لوسین101 و والین120 از HMG-box B بنیانهایی هستند که با وارد شدن بین جفت بازهای شیار کوچک DNA موجب اتصال پروتئین HMGB4 به DNA می‌شوند. همچنین نتایج نشان می‌دهد که بخش انتهای کربوکسیل HMGB4 فاقد ساختار سوم منظم می‌باشد. نتایج حاصل می‌تواند به فهم بهتر ارتباط ساختار و عملکرد این پروتئین و همچنین طراحی داروهای جدید ضدسرطان کمک شایانی نماید.