تأثیر مقیاس ماتریس روابط خویشاوندی ژنگانی بر برآورد مؤلفه های واریانس و درستی پیشبینی ارزش های اصلاحی
Authors
Abstract:
در این پژوهش، روش برای پیشبینی فراسنجههای ناشناختۀ پنج مدل بهترین پیشبینی نااریب خطی ژنگانی (ژنومی G-BLUP) از روش بیز و نمونهگیری گیبس استفاده شد. در هر مدل از مقیاسهای متفاوتی برای ماتریس G شامل استفاده از فراوانی آللی جمعیت بنیانگذار (Gfoun)، فراوانی آللی جمعیت مرجع (Gref)، فراوانی آللی برابر با 5/0 (G05)، یک ماتریس نرمال شده با میانگین عنصرهای قطری برابر با یک (Gnorm) و یک ماتریس G وزنشده با ماتریس A (Gwei)، استفاده شد. برای مقایسۀ نتایج از یک جمعیت دارای آمیزش تصادفی و یک جمعیت انتخابشده، برای صفتی با وراثتپذیری 25/0 روی یک ژنگان با QTL 105 و 3000 نشانگر تک نوکلئوتیدی روی سه کروموزوم استفاده شد. نتایج نشان داد، عنصرهای ماتریسهای G در مقایسه با ماتریس A واریانس بالاتری دارند. میانگین عنصرهای قطری و غیر قطری بهغیراز Gnorm و Gwei از عنصرهای متناظر در A بالاتر بودند. روشهای Gnorm-BLUP و G05-BLUP در مقایسه با سه روش دیگر منجر به برآورد متورم واریانس ژنتیکی شدند که این تورم در جمعیت انتخابشده کمتر بود. میانگین درستی پنج مدل G-BLUP در جمعیت تصادفی 084/0 بالاتر (736/0 در مقابل 652/0) از جمعیت انتخابشده و میانگین اریبی 014/0 پایینتر (026/0 در مقابل 04/0) بود. اریبی پیشبینی ارزش اصلاحی حقیقی جمعیت انتخابشده با استفاده از Gwei نزدیک به صفر ولی با Gref بیشتر از 06/0 بود. بیشترین درستی و کمترین اریب میتواند با استفاده از فراوانی آللی جمعیت مرجع که با ماتریس A مقیاس شدهاند، بهدست آید.
similar resources
ناهمگنی مؤلفه های واریانس رکوردهای روزآزمون تولید شیر و تأثیر آن بر پارامترهای ژنتیکی و ارزش اصلاحی گاوهای هلشتاین ایران
سابقه و هدف: یک جزء مهم در طراحی برنامه های اصلاح نژادی برآورد صحیح ارزش های اصلاحی می باشد. در بسیاری از کشورها معمولاً تصمیمات انتخاب در اصلاح نژاد حیوانات براساس ارزش های اصلاحی حاصل از روش بهترین پیش بینی نااریب خطی (BLUP) انجام می شود. کاربردهای اولیه مدل های مختلط خطی و روشBLUP برای ارزیابی ژنتیکی گاو شیری با فرض همگن بودن مؤلفه های واریانس همراه بوده است. اما مطالعات مختلفی نشان داده اند ...
full textبرآورد مؤلفه های واریانس و روند ژنتیکی، فنوتیپی و محیطی صفات وزن بدن در گوسفند کردی
هدف از مطالعه حاضر برآورد روند ژنتیکی، فنوتیپی و محیطی صفات وزن بدن در سنین مختلف در گوسفندان کردی شمال خراسان بود. برای انجام این مطالعه از رکوردهای مربوط به صفات رشد 5144 رأس بره حاصل از 161 رأس قوچ و 1982 رأس میش استفاده گردید. صفات مورد بررسی شامل وزنهای تولد (5069 رکورد)، 3 (3968 رکورد)، 6 (3519 رکورد)، 9 (2840 رکورد) و 12 (2595 رکورد) ماهگی بودند که طی سالهای 1375 تا 1392 در ایستگاه پ...
full textتأثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابیهای ژنگانی
با دسترسی به اطلاعات نشانگرهای تک نوکلئوتیدی (SNP)، پیشبینی شایستگی ژنتیکی افراد بدون اطلاعات پدیدگانی (فنوتیپی) با استفاده از ارزیابی ژنگانی (ژنومی) امکانپذیر شده است. لیکن، استفاده از تراشه (چیپ)های متراکم برای ارزیابی همۀ افراد جمعیت مقرونبهصرفه نیست. برای دستیابی به بیشترین بازدهی در بررسیهای ژنگانی میتوان گروهی از حیوانها را با تراشههای با تراکم بالا و دیگر افراد را با تراشههای ...
full textبرآورد مؤلفه های واریانس حساسیت های محیطی خرد صفات تولید شیر و امتیاز سلول های بدنی در گاوهای هلشتاین ایران
تفاوت ژنتیکی در حساسیت های محیطی خرد از طریق ناهمگنی واریانس باقیمانده بین حیوانات قابل بررسی بوده و به نظر می رسد این تفاوت ها قابل توارث باشند. هدف از مطالعه حاضر، برآورد مؤلفههای واریانس ژنتیکی و وراثتپذیری حساسیتهای محیطی خرد صفات تولید شیر و امتیاز سلولهای بدنی (SCS) در دوره اول شیردهی گاوهای هلشتاین ایران بود. دادهها شامل 1466498 رکورد روزآزمون تولید شیر و 875416 رکورد روزآزمون امتیا...
full textمقایسه بین bayesc و gblup در برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی در توزیع های متفاوت واریانس ژن های عمده اثر
ژنومی حاوی 1000 چند شکلی تک نوکلئوتیدی دو آللی روی یک کروموزوم به طول 100 سانتی مورگان شبیه سازی شد و توزیع های مختلف واریانس ژن های عمده اثر (یکنواخت، نرمال و گاما) و نیز تعداد ژن های عمده اثر متنوع (5، 10 و 20) به صورت فرضیات شبیه سازی صفات در نظر گرفته شدند و در نتیجه 9 صفت متفاوت ایجاد گردید. مقایسه بین ارزش های اصلاحی ژنومی برآورد شده به وسیله bayesc و gblup نشان داد که ارزش های اصلاحی ژنو...
full textبرآورد مؤلفه های واریانس-کواریانس وپارامترهای ژنتیکی صفات وزن بدن در بزهای مرخز
در این بررسی از داده هایی که در سالهای77-1368 از بزغاله های متولد شده در ایستگاه تحقیقاتی بزمرخز سنندج جمع آوری شده بود استفاده شد.صفات وزن تولد،وزن شیرگیری و وزن یکسالگی مورد مطالعه قرار گرفت.وراثت پذیری صفات وزن تولد،شیرگیری ویکسالگی به روش حداکثر در ستنمائی محدود شده (REML)براساس مدل دام یک متغیره برآورد شد.باافزودن یا حذف اثر عوامل ژنتیکی و محیطی مادری،سه مدل مختلف برای هریک از صفات مورد اس...
full textMy Resources
Journal title
volume 48 issue 2
pages 197- 206
publication date 2017-08-23
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023