بررسی سازوکار مولکولی فعال‌سازی سامانه ایمنی گاو با استفاده از دادههای بیان دیجیتالی لوکوسیت‌ها
Authors
Abstract:
کاربرد مسیرهای ژنی مؤثر در بروز صفات مختلف در اصلاح نژاد به راحتی امکان‌پذیر نمی‌باشد، اما شناسایی مسیرهای ژنی بدست آمده از برهم کنش دادههای ترانسکریپتومی تأثیرگذار بر یک فرآیند زیستی، می‌تواند گام مهمی در فهم بهتر سازوکارهای تنظیمی آن فرآیند باشد. در این پژوهش، چگونگی سازوکار مولکولی تقویت پاسخ ایمنی با در نظر گرفتن مسیرهای ژنی فعال شده در لوکوسیت‌ها، مورد بررسی قرار گرفت. برای رسیدن به این هدف، پس از پیاده‌سازی دادههای حاصل از تکنیک توالی‌یابی رونوشت‌ها (RNA-Seq) با شماره دسترسی GSE37447 از پایگاه داده NCBI، کنترل کیفیت داده‌ها با نرم‌افزار FastQC بررسی گردید. مکان‌یابی ژن‌ها و ایزوفرم‌ها با استفاده از نرم افزار TopHat2 انجام شد و تعیین میزان بیان هر ژن و ایزوفرم با نرم‌افراز HT-Seq انجام گرفت و نهایتاً بررسی ژن‌های متفاوت بیان شده با edgeR انجام گرفت. آنالیز مسیرهای ژنی بر اساس ژن‌هایی که تفاوت بیان داشتند، با پایگاه اطلاعاتی DAVID صورت گرفت. آنالیز مسیرهای ژنی نشان داد، مسیرهای اسپلایسوزم و ترمیم اتصالات نادرست ژنوم در لوکوسیت‌ها فعال می‌شود. بنابراین، مسیرهای ژنی یاد شده می‌توانند چگونگی تقویت پاسخ ایمنی را تفسیر نمایند و به روشن شدن بهتر مسیرهای تنظیمی در این فرآیند بیولوژیکی کمک کنند. به نظر می‌رسد جهت بهبود سامانه ایمنی به کمک برنامه‌های اصلاح نژادی می‌توان از ژن‌ها، فاکتورهای رونویسی، میکرو ریبونوکلئیک اسیدها و یا کوفاکتورهای دخیل در این دو مسیر ژنی (مسیر ژنی اتصال جایگزین و مسیر ترمیم اتصالات نادرست) کمک گرفت، زیرا این دو مسیر ژنی به طور مستقیم در فعال‌سازی و تنظیم فعالیت سامانه ایمنی مؤثر هستند.
similar resources
بررسی سازوکار انتقال انتخابی از میان کمپلکس منفذ هسته سلول با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
کمپلکس‌های منفذ هسته (NPCs) گذرگاه‌های دوطرفه انتخابی بین هسته و سیتوپلاسم هستند. درحالیکه مولکول‌های کوچک می‌توانند آزادانه از میان NPCها انتشار یابند، مولکول‌های بزرگ تنها به واسطه اتصال به گیرنده‌های انتقالی، می‌توانند از خلال آنها عبور کنند. کانال مرکزی NPC با پروتئین‌های نامنظم غنی از تکرارهای فنیل آلانین-گلایسین (FG) پوشیده شده است که به عنوان ناپِ FG شناخته می‌شوند و ادعا می‌شود این پرو...
full textشناسایی مسیرهای بیولوژیکی دخیل در رشد بدن گاو با استفاده از پروفایل های بیان ژن
آنچه که در دنیای امروز در حیطه علم اصلاح نژاد به صورت شتابان در حال نیل است توسعه علم بیوانفورماتیک می باشد که حیطه بالادستی آن علم ژنتیک مولکولی می باشد. ارتباط علم بیوانفورماتیک با علم ژنتیک مولکولی می‌تواند نقش مهمی در بهبود ژنتیکی صفات تولیدی در دامپروری داشته باشند. یکی از مهمترین صفات تولیدی در دامپروری صفت رشد است که تحت تاثیر چندین مسیر بیولوژیکی قرار دارند. شناسایی این مسیرهای بیولوژیک...
full textبررسی عمق لایه آلاینده )گازدار( با استفاده از دادههای هیدروژئوشیمیایی و ژئوالکتریک در دشت چهاردولی
محدوده مورد مطالعه در جنوبشرقی شهرستان قروه و 40کیلومتری شمالغرب همدان واقع شده است. از جمله مسائل زیست محیطی کهدر چند سال اخیر در دشت چهاردولی پدید آمده است، معضل آلودگی منابع آب زیرزمینی به وسیله گاز دی اکسیدکربن میباشد. این پدیدهموجب تخریب و تعطیلی چاههای منطقه شده که به نوبه خود مشکلات کشاورزی و معیشتی عمدهای را بهبار آورده است. بدیهی است کهادامه این شرایط منجر به از بین رفتن آبخوان و کیفیت...
full textبررسی پیام رسانی در سیستم ایمنی ذاتی مرتبط با siRNA از دیدگاه مولکولی
RNA interference) RNAi) که ازسوی siRNA) Small interfering RNA) میانجیگری می شود، ابزار قدرتمندی برای مهار بیان ژن در رده های مختلف سلولی است. siRNA ها علاوه بر عمل خاموش کردن ژن در القای سایتوکاین های پیش التهابی (Pro-inflammatory) و اینترفرون نوع I نیز دخالت دارند. گیرنده های ایمنی شناسایی کننده RNA شامل ( Toll-like receptor (TLR ها و پروتئین های سیتوزولی شناساگر RNA مانند: PKR1, RIG-I 2, MDA-...
full textبررسی چندشکلی ژنوتیپ‌های مرکبات با استفاده از نشانگر مولکولی رپید
شناسایی تنوع ژنتیکی و روابط خویشاوندی، برای دست‌یابی به ارقام مطلوب در مرکبات مهم و ضروری است. در این پژوهش از نشانگرRAPD جهت تعیین تنوع ژنتیکی میان 29 ژنوتیپ مرکبات استفاده شد. 19 آغازگر استفاده شده تعداد 248 باند چند شکل ایجاد گردید که بیشترین باند تکثیر شده 19 عدد و مربوط به آغازگر OPA-07 بود، در حالیکه آغازگر 05-OPA با هشت باند کمترین قطعات چندشکل را نشان داد. متوسط تعداد باند چندشکل ب...
full textبررسی فرآیند ذوب پریلین با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
Melting process of perylene is investigated using molecular dynamics simulation. Some of thermodynamic properties such as potential energy and transition order parameter are calculated as a function of temperature in the range of 500 K-600 K. These calculations are performed by two different methods in NPT and NVT ensembles. The selected interaction potential is Re-squared and the simulations a...
full textMy Resources
Journal title
volume 30 issue 116
pages 161- 176
publication date 2017-11-22
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023