بررسی تنوع ژنتیکی جدایه‌های ویروس موزائیک زرد کدو بر اساس قسمتی از ژن پروتئین پوششی

پروتئین پوششی نقش‌های متعددی را در مراحل سیکل آلودگی به عهده دارد و گزینه مناسبی برای مطالعات تبارزایی و تنوع ژنتیکی به حساب می‌آید. به منظور بررسی آنالیز تبارزایی، تنوع ژنتیکی و فشار انتخاب بر ژن پروتئین پوششی جدایه‌های ویروس موزاییک زرد کدو (ZYMV)، هفت جدایه B10، B21، B22، H7، W5، Z3 و Z14 از غرب کشور و از میزبان‌های متفاوت تعیین توالی و با 65 جدایه قابل دسترس در پایگاه داده‌های نوکلئوتیدی مورد مقایسه قرار گرفتند. درخت تبارزایی جدایه‌های این ویروس بر اساس 432 نوکلئوتید از ژن پروتئین پوششی در نرم‌افزار MEGA6 ترسیم و برآوردهای تنوع ژنتیکی و فشار انتخاب وارد بر پروتئین پوششی با نرم‌افزار DnaSP انجام شد. در آنالیز تبارزایی، جدایه‌ها در سه گروه مجزا تفکیک شدند که جدایه‌های B10، B21، B22، H7 و Z3 در گروه جدایه‌های ایرانی و اروپایی و دو جدایه Z14 و W5 در گروهی مجزا همراه با جدایه‌های شرقی قرار گرفتند. تنوع ژنتیکی (π) بر اساس قسمتی از ژن پروتئین پوششی(CP) نشان داد که جدایه‌های شرق نسبت به جدایه‌های ایران، اروپا و آمریکا بیشترین تنوع (π=0.104) را دارند. همچنین، این قسمت از ژنCP در جدایه‌های آمریکا از کمترین تنوع (π=0.0211) برخوردار بود. کمتر از یک شدن نسبت جانشینی مترادف (dS)به غیر مترادف (dN) بیانگر نقش مؤثر انتخاب منفی در تکامل این ژن بوده است. بررسی نوترکیبی با نرم‌افزار version 4.63 RDP4 حاکی از عدم نوترکیبی در این بخش از ژنوم بود و به نظر می‌رسد که تغییرات آن در اثر جهش حاصل شده باشد.