برآورد ضریب همخونی ژنومی و اندازه مؤثر جمعیت در گوسفندان زندی با استفاده از تراشه متراکم نشانگری
Authors
Abstract:
هدف از این تحقیق بررسی میزان همخونی و اندازه مؤثر جمعیت با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP موجود در سراسر ژنوم حاصل از تراشههای متراکم SNPChip 50K در 96 رأس گوسفند نژاد زندی بود. بدین منظور بعد از کنترل کیفیت داده‌های حاصل از تعیین ژنوتیپ SNPها با استفاده از تراشه 50K، 40879 نشانگر SNPجهت محاسبه میزان همخونی و اندازه مؤثر جمعیت مورد استفاده قرار گرفت. اندازه مؤثر تعداد افراد در حال جفت-گیری بر اساس روش هتروزیگوسیتی اضافی و به وسیله نرم افزار NEESTIMATOR به ازای هر کروموزوم جداگانه برآورد شد. همچنین ضریب همخونی با استفاده از چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامت‌ها (FUNI)، با استفاده از نرم افزار GCTA و Run Of Homozygosity (FROH) به کمک نرم افزار PLINK محاسبه گردید. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده به ترتیب 393/0 و 407/0 به دست آمد. متوسط اندازه مؤثر برآورد شده، 69 رأس بود و متوسط فاصله اطمینان 95% برای این برآوردها 2/93-0/40 به دست آمد. همچنین در این تحقیق مشخص شد ضریب همخونی محاسبه شده با استفاده از سه روش (FGRM، FHOM، FUNI) مشابه و معادل با 063/0 تخمین زده شد. علاوه بر این میزان همخونی در روش ROH برابر با 053/0 برآورد شد. در مجموع نتایج این تحقیق نشان داد که با وجود تنوع ژنتیکی مناسب در جمعیت گوسفند زندی مورد مطالعه، اندازه مؤثر آنها به شدت کاهش یافته است و طراحی برنامه‌های مناسب برای حفاظت از حیوانات خالص باقیمانده این نژاد بومی ضروری است.
similar resources
برآورد اندازه مؤثر جمعیت گاومیش‌های آبی ایران با استفاده از اطلاعات ژنومی
به منظور تعیین اندازه مؤثر جمعیتهای گاومیش ایران از 407 رأس حیوان (260 آذری، 120 خوزستانی و 27 مازندرانی) نمونهگیری به‌عمل آمد. نمونهها بعد از استخراج DNA، با استفاده از آرایه های ژنومیکیAxiom Buffalo Genotyping 90K Array، تعیین ژنوتیپ شدند. اندازه مؤثر جمعیت از 700 تا 4 نسل قبل با استفاده از اطلاعات پیوستگی که برای نمونه تصحیح شده بودند و برای نسل حاضر با استفاده از نرمافزار (V2)NeEstimato...
full textبررسی جمعیت مؤثر، نامتعادلی پیوستگی و ساختار بلوک تک‌جوری در گاومیش‌های نژاد آذربایجانی با استفاده از تراشههای متراکم نشانگری
هدف از این پژوهش برآورد میزان نامتعادلی پیوستگی، تعیین ساختار بلوکهای تک‌جوری (هاپلوتیپی) و اندازۀ مؤثر جمعیت گاومیش آذربایجانی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP پراکنده در سراسر ژنگان (ژنوم) حاصل از تراشههای متراکمK 90 (SNPchip 90k) بود. حیوان‌های مورد بررسی و ارزیابی 243 رأس گاومیش آذربایجانی پراکنده در استانهای گیلان، اردبیل، آذربایجان شرقی و آذربایجان غربی بود. پس از کنترل کیفیت دادهه...
full textبررسی همگنی ساختار ژنتیکی در جمعیت گوسفند نژاد زندی با استفاده از داده‌های ژنومی
داده‌های ژنومی می‌تواند ما را به چگونگی شکل‌گیری نژادها و جمعیت‌ها و روند تأثیرگذاری رخدادهای ژنتیکی هرچند کمیاب در گذر زمان رهنمون سازد. از موارد بسیار ارزشمند جهت حفظ ذخایر ژنتیکی که خود موضوعی پر اهمیت تلقی می‌گردد و همچنین بهبود برنامه‌های اصلاح نژادی، پی‌بردن به ساختار ژنتیکی جوامع مورد مطالعه است. جهت مطالعه ساختار ژنتیکی جمعیت گوسفند زندی واقع در ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد گوسفند زندی ته...
full textبررسی روند همخونی و تاثیر آن بر صفات تولیدی مرتبط با رشد در گوسفندان زندی
هدف از این مطالعه برآورد ضرایب همخونی و بررسی اثرات آن بر صفات وزن تولد، وزن شیرگیری، وزن 6 ماهگی، وزن 9 ماهگی و وزن یک‌سالگی در گوسفند زندی است. داده های مورد استفاده شامل اطلاعات ثبت شده 6140 راس بره بود که طی سال‌های 1370 تا 1390 در ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد گوسفند زندی تهران جمع‌آوری شده بود. 32/36 درصد از کل حیوانات همخون بودند. میانگین ضریب همخونی کل جمعیت و جمعیت همخون 22/1 و 61/3 درصد ...
full textبرآورد همخونی در جمعیت گاومیش ایران
گاومیــش، دام بومــی شــاخصی اســت کــه ســابقه پــرورش آن در ایــران بــه هــزاران ســال قبــل می رســد و نســبت بــه گاو بومــی منطقــه از نظــر میــزان تولیــد شــیر، چربــی شــیر و سرعــت افزایــش وزن روزانــه، برتــر می باشــد. همچنیــن امتیازاتــی از قبیــل مقاومــت در برابــر بیماری هــا، ســازگاری بــا شرایــط محیطــی مختلــف و اســتفاده بهــر از مــواد خشــبی نامرغــوب را دارا می باشــ...
full textMy Resources
Journal title
volume 31 issue 119
pages 129- 142
publication date 2018-08-23
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023