Topics in cancer genomics

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xvi CHAPTER 1. GENERAL INTRODUCTION . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1.1 HLA typing and related applications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1.1.1 HLA genes and their function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.1.2 HLA diversity and nomenclature . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.1.3 Whole exome sequencing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 1.1.4 Motivation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 1.2 microRNAs and gene expression regulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1.2.1 Motivation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1.3 Dissertation organization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 1.4 Contribution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 CHAPTER 2. DETECTION OF SOMATIC CHANGES OF THE CLASS I HLA LOCI USING EXOME SEQUENCING . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 2.