ForkJoinPcc Algorithm for Computing the Pcc Matrix in Gene Co-Expression Networks
نویسندگان
چکیده
High-throughput microarrays contain a huge number of genes. Determining the relationships between all these genes is time-consuming computation. In this paper, authors provide parallel algorithm for finding Pearson’s correlation coefficient measured in Affymetrix microarrays. The main idea proposed algorithm, ForkJoinPcc, mimics well-known programming model: fork–join model. MATLAB APIs have been employed and evaluated on shared or distributed multiprocessing systems. Two performance metrics—the processing communication times—have used to assess ForkJoinPcc. experimental results reveal that ForkJoinPcc achieves substantial speedup cluster platform 62× compared with 3.8× multicore platform.
منابع مشابه
fault location in power distribution networks using matching algorithm
چکیده رساله/پایان نامه : تاکنون روشهای متعددی در ارتباط با مکان یابی خطا در شبکه انتقال ارائه شده است. استفاده مستقیم از این روشها در شبکه توزیع به دلایلی همچون وجود انشعابهای متعدد، غیر یکنواختی فیدرها (خطوط کابلی، خطوط هوایی، سطح مقطع متفاوت انشعاب ها و تنه اصلی فیدر)، نامتعادلی (عدم جابجا شدگی خطوط، بارهای تکفاز و سه فاز)، ثابت نبودن بار و اندازه گیری مقادیر ولتاژ و جریان فقط در ابتدای...
the algorithm for solving the inverse numerical range problem
برد عددی ماتریس مربعی a را با w(a) نشان داده و به این صورت تعریف می کنیم w(a)={x8ax:x ?s1} ، که در آن s1 گوی واحد است. در سال 2009، راسل کاردن مساله برد عددی معکوس را به این صورت مطرح کرده است : برای نقطه z?w(a)، بردار x?s1 را به گونه ای می یابیم که z=x*ax، در این پایان نامه ، الگوریتمی برای حل مساله برد عددی معکوس ارانه می دهیم.
15 صفحه اولGene co-expression networks via biclustering Differential gene co-expression networks via Bayesian biclustering models
Identifying latent structure in large data matrices is essential for exploring biological processes. Here, we consider recovering gene co-expression networks from gene expression data, where each network encodes relationships between genes that are locally co-regulated by shared biological mechanisms. To do this, we develop a Bayesian statistical model for biclustering to infer subsets of co-re...
متن کاملbiclustering algorithm for embryonic tumor gene expression dataset: las algorithm
an important step in considering of gene expression data is obtained groups of genes that have similarity patterns. biclustering methods was recently introduced for discovering subsets of genes that have coherent values across a subset of conditions. the las algorithm relies on a heuristic randomized search to find biclusters. in this paper, we introduce biclustering las algorithm and then appl...
متن کاملAsymptotic algorithm for computing the sample variance of interval data
The problem of the sample variance computation for epistemic inter-val-valued data is, in general, NP-hard. Therefore, known efficient algorithms for computing variance require strong restrictions on admissible intervals like the no-subset property or heavy limitations on the number of possible intersections between intervals. A new asymptotic algorithm for computing the upper bound of the samp...
متن کاملذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: Electronics
سال: 2022
ISSN: ['2079-9292']
DOI: https://doi.org/10.3390/electronics11081174